吉林大學藥學院前身爲原白求恩醫科大學藥學院，始創於1998年，是應社會對藥學專業人才的大量需求，由著名天然藥物化學家徐景達教授等一批著名的科學家和教育學家積極倡導並參與創辦的，同年開始招收藥學專業本科生。原白求恩醫科大學開辦了國際領先的熱門專業生物工程（再生醫學）本科專業。2000年6月12日五校合併後，生物工程（再生醫學）本科專業劃歸藥學院，2001年5月更名爲吉林大學藥學院。
學院現有三個系：藥學系、生物藥學系、再生醫學系。十二個教研室，三個本科教學實驗中心。
設有兩個專業：藥學和生物工程學。
藥學專業包括六個學科：藥物化學（天然藥物化學）、藥劑學、藥物分析學、藥理學、生藥學和微生物與生化藥學。
生物醫學工程專業包括五個專業方向：再生醫學、組織工程學、細胞工程學、蛋白質工程學、基因工程學、生物醫用材料學。
學院共有五個博士學位授權點（藥理學、微生物與生化藥學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、醫學生物工程學）；七個碩士學位授權點（藥理學、藥物化學、藥物分析學、微生物與生化藥學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、醫學生物工程學）；二個博士後流動站（基礎醫學、生物學）。設有二個吉林省重點學科：藥學和生物醫學工程學。
學院現有十一個重點實驗室：吉林省衛生廳再生醫學重點實驗室（主任：顏煒羣教授）；吉林省衛生廳藥物研發重點實驗室（副主任：楊曉虹教授）；吉林省中醫局中藥藥理重點研究室（主任：睢大篔教授）；吉林省中醫藥科技二級實驗室—中藥藥理實驗室（主任：睢大篔教授）；吉林省中醫藥科技二級實驗室—中藥藥劑實驗室（主任：金向羣教授）；吉林省中醫藥科技二級實驗室—生物工程實驗室（主任：顏煒羣教授）。國家中醫藥科技三級實驗室—中藥化學實驗室（主任：楊曉虹教授）；國家中醫藥科技三級實驗室—生物工程實驗室（主任：顏煒羣教授）；國家中醫藥科技三級實驗室—中藥藥理實驗室（主任：睢大篔教授）；國家中醫藥科技三級實驗室—中藥藥代實驗室（主任：顧景凱教授）；吉林省腫瘤疫苗工程研究中心（主任：王毅教授）。
藥學院現有教職工124人，其中教授28人（含2名流動編）、副教授25人，講師30人，助教2人，進階實驗師5人，進階工程師5人，工程師1人，實驗師12人，助理工程師3人，技術員1人，技師1人，工人2人，管理幹部11人。博士生指導教師20人，碩士生指導教師45人。藥學院培養人才的層次較多，有大學本科生、碩士研究生、博士研究生、成人教育本科生及專科生等，同時招收在職攻讀學位各類研究生，包括以研究生畢業同等學力在職申請碩士學位、生物工程專業學位研究生、製藥工程專業學位研究生、高校教師培訓計劃等。
截止2009年在校研究生190人，本科生468人，成人教育本科生33人。
學院擁有一批優秀的學科帶頭人和科研骨幹，他們在各自學科領域中都取得了可喜的成果。建院以來完成國家科技攻關、國家“863”項目、國家自然科學基金重點及面上項目、高等院校博士點專項科研基金項目以及省級科研項目等共計50餘項，其它橫向聯合項目60餘項。獲得省部級科技獎勵的科研成果共20餘項。發表學術論文1180篇，其中核心期刊1025篇，SCI、EI共收錄文章50餘篇。現承擔國家科技攻關項目1項，國家自然科學基金13項，省科技廳項目34項。
藥學科學是一門綜合性科學，它與生命科學、醫學、環境科學及化學有着密切的聯繫，藥學的發展史是人類文明史的一個重要組成部分，藥學的發展將會給人類提供更多防病、治病的新藥，也將爲生命科學等學科發展提供新的概念、理論、方法和技術。吉林大學藥學院是一所以藥學及生物工程（再生醫學）爲特色，理、醫、工等多學科協調發展，傳統研究與現代研究並舉的研究型學院。學院設備先進，環境優越、學術氛圍濃厚，學風嚴謹，已經培育出一批又一批的高層次人才。如今，藥學院全體教職員工同心同德，勵精圖治，正以勃發的生機，闊步前進，爲早日躋身於世界一流的藥學學科而不懈奮鬥。
