住房公積金是爲了滿足廣大人民羣衆，主要是城鎮居民的住房問題而實行的一項政策，主要針對的是中低收入羣體。而公積金的數量又與個人收入直接掛鉤。朱迎娟(2008)認爲住房公積金制度的覆蓋面有限，主要集中在行政事業單位和經濟效益較好的壟斷行業、國有企業、股份制企業和外資企業，大量的中低收入者被排除在外，繳存總額不大，這與實施住房公積金的初衷有很大差距。高紅梅(2008)認爲由於社會主義市場經濟發展，國企改革和事業體制改革等原因，很多非公有制單位的職工、個體工商業者、社會自由職業者、進城務工人員尚未參加住房公積金制度，非公有制經濟單位基本上游離於制度之外等因素都在一定程度上影響了住房公積金的歸集，住房公積金制度覆蓋面範圍有縮小的趨勢。住房公積金覆蓋面的減小，使其保障功能大大減弱，不利於社會福利和人民生活水平的提高。
2、地區和行業發展不平衡，繳存差距較大，造成收入公平缺失
住房公積金的繳存，是以職工工資爲基礎的，每月提取一定比例列入專項帳戶。因不同地區、不同行業的發展不平衡，職工的工資也有很大差距，繳存比例也有區別，使公積金的繳存產生差距較大。高紅梅(2008)指出城市經濟發展不平衡、職工公積金繳存餘額存在較大差異，有損公平和效率。韓喬娜(2008)透過對部分城市住房公積金中心的調研，發現公積金繳存人羣和貸款人羣的收入水平均整體高於城市居民平均收入水平，行政機關，事業單位，國有企業這三類單位的職工受益於公積金的人數比例相對全市平均水平較高，從而說明公積金制度的受益人羣在城市中整體上處於相對較高收入的羣體，而不是低收入羣體，公積金繳存存在着收入水平、職工單位類型上的不公平。
3、住房公積金使用效率較低
根據《住房公積金管理條例》規定，住房公積金使用包括職工購建房的支取、個人住房抵押貸款和購買國債幾條途徑，但一般其使用主要限於購房支援貸款，其使用效率不高，造成大量公積金沉澱，不能充分的發揮其真正用途，還有很大的市場潛力。最新資料表明，目前我國住房公積金髮放額佔歸集總額的40%。陳淑雲(2007)認爲住房公積金由各地管委會負責，自主風險控制能力有限;住房公積金由財政部門負責監督，其力度不足;低存低貸的利率政策不合理，導致效率低下，住房公積金的`用途受限，職工權益受損。比較客觀、全面的指出了公積金制度在過去一段時期內存在的主要問題，有一定的現實意義。
4、住房公積金管理體制不合理，監督體系不完善
目前，我國各地住房公積金多實行.管委會決策，中心運作、銀行專戶、財政監督.的管理原則，住房公積金管理機構缺乏必要的約束機制，監督體系也有待完善，違法挪用、拆借公積金等活動時有發生，是住房公積金的執行風險加大。高紅梅[2]認爲這不僅嚴重影響住房公積金管理中心的聲譽，更會影響住房公積金制度的發展與完善，有礙於社會的公平與和諧。管理體制和監督體系問題亟待提到住房公積金的改革設計日程上來。
5、住房公積金風險防範能力不足
住房公積金的用途主要是向職工發放住房抵押貸款，隨着資金規模的不斷擴大，參與人數的增加，其風險逐步加大，如何高效、安全的運用這筆資金就成了一項重要課題。其存在的主要風險有制度性風險、使用效率風險、信用風險和抵押風險等，其中信用風險是住房公積金所面臨的主要風險。根據《住房公積金管理條例》規定，各地住房公積金增值收益應提取不低於60%的資金，作爲貸款風險準備金。韓喬娜指出當城市出現較劇烈的房地產和金融市場波動時，當地風險準備金儲備就很難滿足防範信用風險的要求。，住房公積金還面臨着由系統性風險引起的大規模貸款違約風險。公積金主要集中在中低收入水平，違約風險很大。