滯納金數額計算應當堅持自願、公平和誠實信用原則，不應拘泥於最高人民法院《關於逾期付款違約金應當按照何種標準計算問題的批覆》的規定。
1999年1月29日，最高人民法院審判委員會第1042次會議透過的《關於逾期付款違約金應當按照何種標準計算問題的批覆》規定：“對於合同當事人沒有約定逾期付款違約金標準的，人民法院可以參照中國人民銀行規定的金融機構計收逾期貸款利息的'標準計算逾期付款違約金。中國人民銀行調整金融機構計收逾期貸款利息的標準時，人民法院可以相應調整計算逾期付款違約金的計算標準。”在司法實踐中，現在一般按照每日萬分之二點一的標準計算違約金的數額。本案中，由於被告黃曉軍在原告起訴前分文未付，故其違約日期應當自2006年1月1日起計算至2006年9月3日（立案前一日）。按照最高法院的批覆進行計算，被告黃曉軍應當給付原告滯納金 51 660元。而依照協議的約定，被告黃曉軍應當給付原告滯納金1230萬元。很顯然，依據不同的計算標準得出的數額相差巨大，依照協議的約定所計算得出的數額是按照最高法院的批覆計算數額的238倍多。
公平原則在民法上主要是針對當事人間的合同關係提出的要求，是當事人締結合同關係，尤其是確定合同內容時，所應遵循的指導性原則。它具體化爲合同法上的原則就是合同正義原則。是否公平的判斷依據採主觀等值原則，即當事人主觀上願以此給付換取對待給付，即爲公平合理，至於客觀上是否等值，在所不問。本案中，原被告雙方簽訂的協議是雙方的真實意思表示，且不違反法律法規或社會公共利益，應爲合法有效。原告在庭審中明確要求被告黃曉軍給付滯納金100萬元，該數額遠遠低於依照協議約定計算的滯納金數額，且該數額沒有超出本金。如果按照最高法院的批覆進行計算，該數額對原告而言，顯失公平，既不足以彌補原告的損失，又不能對違約方起到制裁作用，故不應適用該批覆的規定。