最新兩次的公司法修改越來越彰顯出意思自治在公司治理中的重要性，表現了減少對企業的管制與干預、增強公司章程法律效力的傾向。本文總結了公司法中可由公司章程或者股東自行約定的幾個重要事項，涉及到公司的權力結構、管理經營模式、分紅模式、股東之間的權利義務等。作爲“公司憲法”，公司章程對公司的成立及運營具有十分重要的意義，公司股東和發起人在制度章程時，務必考慮周全，透過明確詳細的公司章程，就公司經營作出個性化的制度安排。
1、股東持股比例可與出資比例不一致
對於該問題，公司法並未明確規定可由公司章程另行約定，但司法實踐已經認可上述約定屬於公司股東意思自治的範疇。
案例連結：深圳市啓迪資訊技術有限公司與鄭州國華投資有限公司、開封市豫信企業管理諮詢有限公司、珠海科美教育投資有限公司股權確認糾紛案----
裁判要旨：在公司註冊資本符合法定要求的情況下，各股東的實際出資數額和持有股權比例應屬於公司股東意思自治的範疇。股東持有股權的比例一般與其實際出資比例一致，但有限責任公司的全體股東內部也可以約定不按實際出資比例持有股權，這樣的約定並不影響公司資本對公司債權擔保等對外基本功能實現。如該約定是各方當事人的真實意思表示，且未損害他人的利益，不違反法律和行政法規的規定，應屬有效，股東按照約定持有的股權應當受到法律的保護。
2、分紅比例、認繳公司新增資本比例可與出資比例不一致
法條連結：《公司法》第34條：股東按照實繳的出資比例分取紅利；公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。
3、表決權可與出資比例不一致
法條連結：《公司法》第42條：股東會會議由股東按照出資比例行使表決權；但是，公司章程另有規定的除外。
4、可透過公司章程限制股權轉讓時的剩餘股東同意權、優先購買權
我們知道，侵害股東優先購買權的股權轉讓協議的效力是有瑕疵的，公司法之所以對股東對外轉讓股權設定剩餘股東同意權、優先購買權等制度進行限制，主要是基於對有限公司人合性和股權自由轉讓兩種價值理念的平衡。隨着市場經濟的發展，實踐中公司情況千差萬別、公司參與者需求各異，需要更多個性化的制度設計。欲順應此種實際需求，法律需減少對公司自治的干預，由股東透過公司章程自行設計其需要的治理規則。因此，公司法規定，有限責任公司股權轉讓的場合，允許股東透過公司章程事先自由安排出讓股東與剩餘股東間二者的利益分配。
法條連結：《公司法》第71條：有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的`人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答覆的，視爲同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視爲同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
5、公司章程可排除股東資格的繼承
法條連結：《公司法》第75條：自然人股東死亡後，其合法繼承人可以繼承股東資格；但是，公司章程另有規定的除外。
6、全體股東一致同意的，可以書面形式行使股東會職權
法條連結：《公司法》第37條：股東會行使下列職權： (一)決定公司的經營方針和投資計劃；…… (十一)公司章程規定的其他職權。
對前款所列事項股東以書面形式一致表示同意的，可以不召開股東會會議，直接作出決定，並由全體股東在決定檔案上簽名、蓋章。
7、召開股東會會議的通知期限可另行約定
法條連結：《公司法》第41條第1款：召開股東會會議，應當於會議召開十五日前通知全體股東；但是，公司章程另有規定或者全體股東另有約定的除外。
8、公司章程對公司董、監、高轉讓本公司股份的限制可高於公司法
法條連結：《公司法》第141條第2款：公司董事、監事、進階管理人員應當向公司申報所持有的本公司的股份及其變動情況，在任職期間每年轉讓的股份不得超過其所持有本公司股份總數的百分之二十五；所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年內不得轉讓。上述人員離職後半年內，不得轉讓其所持有的本公司股份。公司章程可以對公司董事、監事、進階管理人員轉讓其所持有的本公司股份作出其他限制性規定。