企業合併包括三種形式，即控股合併、吸收合併和新設合併。所得稅上所稱合併業務通常是指吸收合併和新設合併，而控股合併所得稅上稱之爲股權收購。企業合併的所得稅處理分一般性處理和特殊性處理，筆者現結合《關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅[2009]59號)，對吸收合併、新設合併業務(以下簡稱合併業務)的所得稅特殊性處理進行分析。
依據財稅[2009]59號檔案規定，合併業務在同時滿足被合併企業股東取得的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%(含同一控制下且不需要支付對價的企業合併)以及具有合理的商業目的等相關條件時，合併業務涉及的三方可以選擇按下列特殊性規定進行所得稅處理。
合併企業的所得稅處理
(一)非股權支付中涉及非貨幣性資產應否確認資產轉讓所得或損失問題。
合併業務在符合特殊性處理規定的條件下，雖然合併企業支付的對價85%以上爲股權支付，但仍可能涉及非股權支付。這裏應注意的是，如果非股權支付中涉及非貨幣性資產，仍應按稅法規定確認資產的轉讓所得或損失。
(二)接受被合併企業淨資產計稅基礎的確定。
按照財稅[2009]59號檔案規定，合併企業接受被合併企業淨資產(資產、負債)的計稅基礎，以被合併企業的原有計稅基礎確定。這裏重點分析接受被合併企業資產(以下簡稱合併資產)計稅基礎的確定。在不涉及非股權支付的情況下，合併資產的計稅基礎應爲被合併企業原來的計稅基礎。但在涉及非股權支付情況下，合併資產的計稅基礎應根據被合併企業原有計稅基礎調整確定。如何進行調整呢?實際工作中可利用分解理論調整確定合併資產的計稅基礎。由於合併企業爲取得合併資產付出了股權支付和非股權支付兩種代價，因此可將其取得的合併資產分解爲兩部分，即一部分透過股權支付方式取得，另一部分透過非股權支付方式取得。其中，透過股權支付方式取得合併資產的計稅基礎，依據財稅[2009]59號檔案規定應按其原來的計稅基礎確定。而透過非股權支付方式取得的合併資產相當於按非股權支付的公允價值購入，因此應按公允價值確定其計稅基礎。
(三) 以前年度所得稅事項的處理。
關於稅收優惠政策的處理，財稅[2009]59號檔案規定，在企業吸收合併中，合併後的存續企業性質及適用稅收優惠的條件未發生改變，可以繼續享受合併前該企業剩餘期限的稅收優惠，其優惠金額按存續企業合併前一年的應納稅所得額(虧損計爲零)計算。依據上述規定，在稅率相同的情況下，剩餘年限內各年可享受的減免稅額相同。
關於彌補虧損問題，財稅[2009]59號檔案只明確了符合特殊處理規定條件下，被合併企業以前年度發生的虧損應如何彌補，而未明確合併企業合併前發生的尚未超過彌補期限的虧損合併後應如何彌補。筆者認爲，後者也應比照前者進行處理。
被合併企業的所得稅處理
(一)是否確認資產的轉讓所得或損失問題。
合併業務如果符合特殊性處理規定的條件，則不涉及或僅涉及少量的貨幣資金。因此，爲支援企業進行改組，財稅[2009]59號檔案規定，被合併企業可暫不確認全部資產的轉讓所得或損失，但應確認非股權支付對應的轉讓所得損失。非股權支付對應的資產轉讓所得或損失=(被轉讓資產的公允價值-被轉讓資產的計稅基礎)×(非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值)。
(二)以前年度所得稅事項的處理。
符合特殊性處理條件的合併業務，由於被合併企業暫不確認全部資產轉讓所得或損失，依據財稅[2009]59號檔案規定，被合併企業合併前的相關所得稅事項由合併企業承繼。
關於以前年度虧損在合併企業的彌補問題，依據財稅[2009]59號檔案規定，可由合併企業彌補的被合併企業虧損的限額=被合併企業淨資產公允價值×截至合併業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。這裏應注意的是，檔案未明確按公式計算出的限額是每年可由合併企業彌補虧損的限額，還是虧損剩餘彌補期限內可由合併企業彌補虧損的合計限額。筆者認爲按公式計算出的限額應屬於前者。
關於稅收優惠政策在合併企業可否繼續享受問題，財稅[2009]59號檔案只明確了合併企業合併前未執行到期的稅收優惠應如何處理，但未明確被合併企業合併前未執行到期的稅收優惠應如何處理。筆者認爲後者應比照前者進行處理。
被合併企業股東的所得稅處理
(一)是否確認舊股的轉讓所得或損失問題。
符合特殊性處理條件的合併業務，被合併企業股東在合併中取得的多數利益爲合併企業的股權，且取得的股權連續12個月內不得轉讓。如果在合併業務發生時如對其確認舊股全部轉讓所得並徵稅，會造成資金困難，從而違背所得稅的量能負擔原則。因此，依據財稅[2009]59號檔案規定，被合併企業股東可暫不確認舊股的'轉讓所得或損失，但應確認非股權支付部分對應的舊股轉讓所得或損失。
(二)新股計稅基礎的確定問題。
符合特殊性處理條件的合併業務，由於被合併企業股東暫不確認舊股的全部轉讓所得或損失，按照所得稅的對等理論，被合併企業股東不能按照公允價值確定合併企業股權(以下簡稱新股)的計稅基礎。依據財稅[2009]59號檔案規定，應按其原持有的被合併企業股權的計稅基礎確定新股計稅基礎。具體而言，在不涉及非股權支付的情況下，新股計稅基礎應爲舊股原計稅基礎;在涉及非股權支付的情況下，新股計稅基礎應根據舊股原計稅基礎調整確定。至於如何調整，財稅[2009]59號檔案未明確具體調整方法，筆者結合實際工作總結了兩種調整方法。
第一，依據所得稅對等理論確定新股計稅基礎。按照財稅[2009]59號檔案規定，被合併企業股東應確定非股權支付對應的舊股轉讓所得或損失，按照所得稅對等理論，以減少舊股爲代價取得新股及非股權支付的計稅基礎之和應爲舊股的原計稅基礎加上確認的非股權支付對應的舊股轉讓所得或損失，即新股計稅基礎+非股權支付計稅基礎=舊股原計稅基礎+非股權支付對應的舊股轉讓所得或損失，據此即可推算出新股的計稅基礎(非股權支付的計稅基礎應按公允價值確定)。
第二，利用分解理論確定新股計稅基礎。在涉及非股權支付的情況下，可將被合併企業股東減少的舊股分爲兩部分，一部分用於換取新股;另一部分用於轉讓，且取得的非股權支付視爲轉讓舊股取得的經濟利益。依據財稅[2009]59號檔案規定，舊股用於換取新股的部分不確認其轉讓所得或損失，因此新股計稅基礎應爲此部分舊股的原計稅基礎。確定新股計稅基礎的關鍵在於如何將舊股原計稅基礎分解爲用於換取新股和用於轉讓兩部分。可設舊股中用於轉讓部分的原計稅基礎爲X，則有：舊股公允價值/舊股原計稅基礎=非股權支付/X，解得X，則舊股中用於換取新股部分的原計稅基礎=舊股原計稅基礎-X，此部分金額即爲新股的計稅基礎。