搞好部門預算執行審計，對政府準確的掌握財政資金使用效益和落實國家政策有着關鍵性的意義，也爲政府合理的決策地方經濟而提供重要依據，同時更爲有效地嚴肅財經紀律，防範經濟腐起着一定得震懾和警示作用，那麼部門預算執行審計應該重點關注哪些方面呢?
以預算編制爲重點。
從歷來的審計結果看，很多部門年初預算和實際執行往往還存在着一定的差異，雖然有財政部門追加手續，仍突出了部門在年初預算在編制上存在着盲目性和執行過程中的隨意性。因此，審計人員要結合被審計單位的實際情況，包括工作職能，機構設定，人員編制等進行分析覈對，必要時追溯到前年度的預算執行情況，要是年年超預算，就要考慮到年初預算編制的本身不合理性了。另外對追加的項目要考慮到其合規性和真實性，特別是對每年類似的追加項目，審計人員就要認真剖析，究其原因，是否存在虛列項目，套取財政資金。因此對預算編制的審計尤爲重要，透過審計，及時向政府和財政部門提出合理化意見和建議，還原年初預算的嚴肅性。
以專項資金爲重點。
隨着各部門的分工和職能的不同，特別是農業、水利、社會保障等部門，無論是上級轉移支付資金還是本級配套項目資金，其點多面廣，如何保障資金的科學合理分配和資金的有效使用，這也是需要關注的重點，嚴防部門和單位“雁過拔毛”，擠佔挪用着專項資金用於其它支出，審計人員要從預算和檔案批覆查起，進一步弄清資金的使用性質和來源方向，覈查資金撥付憑證，必要時跟蹤到撥款單位，弄清資金合理去向，特別是涉及到工程項目的，要從立項到竣工結算的.資料進行覈查，以保障專款專用。
以項目支出爲重點。
項目支出在會計處理上往往成爲一些部門弄虛作假的重要區域，不乏很多不合理的費用以項目支出名義列支其中，甚至包括請客送禮等橫向聯繫，成爲“項目支出一口缸，五花八門裏面裝”的寫照，甚至成爲滋生腐的“搖籃”。因此，審計人員要緊繞項目支出的真實性進行審計，必要時延伸到相關資金的使用盡頭。審計人員要認真核實。一是對比項目支出的預算和批覆，結合單位工作職能和性質，分析支出與之的關聯性和邏輯性。二是檢查票據的真實性，必要時透過稅務票據查詢系統，覈實票據的真實性，嚴防使用虛假票據進行套現等舞弊行爲，並採取一杆子插到底，跟蹤到項目源頭。
以會議費爲重點。
會議費在部門公用支出佔用比例較大，應引起審計人員的高度重視。一是關注會議預算，要了解被審計單位的業務職能，評估年初會議費預算的合理性，特別是關注會議費預算編制時的完整、細化、準確性，結合決算，檢查是否有無預算、超預算等現象。二是關注會議管理情況，審計人員要從會議的計劃、管理、批覆方面入手，透過調查會議臺賬和登記資料，檢查會議是否超標，甚至存在奢侈浪費等現象。三是關注會議費支出的真實性。審計人員要透過會議費發票的真僞，結合會議的時間、地點、人員、內容進行覈查，分析其真實性，主要防止被審計單位利用會議費名義濫補濫發，甚至套取資金搞小金庫。
以非稅收入爲重點。
大部分職能部門的非稅收入以行政事業性收費和罰沒收入爲主。一是要嚴格關注收入的合規性，結合被審計單位職能，檢查收費許可的內容、標準，行政執法的檔案和法規，覈對收入(國庫專戶)單據，關注是否存在亂收費、亂罰款等情形。二是檢查以上收入在管理上是否嚴格執行財政部門“收支兩條線”，必要時採取突襲現金盤底，嚴防挫收挫支應當上繳的財政資金，甚至私設“小金庫”。
以固定資產管理爲重點。
對於固定資產的科學管理，包括資產的購置、使用、管理也是審計重點和關鍵。一是檢查資產取得的合法性，是否嚴格執行政府採購計劃，控制在標準內，包括車輛購置、基礎建設、辦公設備等，同時關注固定資產是否按規定入賬，納入單位統一管理。二是關注固定資產包括門面、設備等固定資產的出租和出借情況，其收入是否按規定上繳財政專戶納入預算管理，更重要的是嚴防收入不上賬，甚至私設“小金庫”。三是關注固定資產的處置情況。檢查資產處置是否嚴格按照國資管理部門規定上報申請、評估、拍賣的程序進行處理，並及時進行賬務清理，以保障固定資產從賬面到實物的真實性和完整性。