一、財務會計內控制度審計存在的主要問題
（一）不能與時代的發展相適應
伴隨知識經濟時代的到來，在企業整個資產結構中，以理論爲基礎的無形資產佔據重要地位，然而，現階段，在企業財務管理過程中，並不重視無形資產的管理，使企業在評估無形資產的過程中，忽視了自身的真實價值。無形資產即企業內部控制制度，企業不能夠充分利用內部控制制度，做好財務管理環節。
（二）管理制度缺失
在企業發展的過程中，財務管理環節發揮重要作用，一個良好的財務管理制度，是企業得以生存和發展的基礎。但是，現階段，在企業財務管理過程中，雖然已經取得一些成效，但是仍舊存在較多缺陷。主要是企業只注重經濟收益，卻忽視財務會計內控制度的審計，導致企業財務管理制度缺失，阻礙企業的發展進程。
（三）覈算制度不健全
現階段，在我國實行的會計法中，從宏觀方面分析，是爲了使企業財務會計與企業管理能夠相互制約，因此，在企業發展過程中，必須按照會計法的相關準則。企業財務會計制度是指：透過採用與會計相關的理論基礎，並且依據企業自身發展的實際狀況，實行企業內部管理的方法。但是，現階段，在企業財務會計內部審計過程中，覈算制度不健全，不能夠真實、客觀的反映企業實際經營狀況，這不利於提高企業的經濟收益。
二、完善財務會計內控制度審計研究的對策
（一）全面貫徹和落實財務會計內部控制審計制度
現階段，在企業制定內部控制基本規範的過程中，是由多個部門共同合作、努力制定，並且已經受到國資委員會的強力支援，因此，企業在發展的過程中，能夠得到這些重要部門的關注以及支援，是企業財務會計內部控制審計的關鍵。因此，我們可以看出，要想不斷強化企業內部控制審計，就應得到政府的大力支援，這就要求政府應當做到以下幾個方面：首先，政府各個管理部門應明確承擔的具體職責，做好自身管轄範圍內的工作，不斷關注企業在發展過程中，財務會計內部控制的建設以及審計環節，並且全面落實財務會計內部控制審計制度的實施，加快企業的發展進程。其次，當地政府部門在評價企業信用等級過程中，應使員工利益與內控評價有機的結合在一起，充分發揮審計機構的職能，從而建立健全企業內部控制制度。
（二）加大力度宣傳內部控制審計制度
調查顯示，大部分企業在發展的過程中，認爲企業在實施內部控制制度的過程中，需要花費很多的經濟成本，並且不能夠獲得更多的經濟收益。部分企業領導還認爲，內部控制制度的實現，會威脅到自身的權威。因此，基於以上問題，我們可以看出，企業並不能夠積極主動的建立內部控制審計管理機制。因此，這就要求政府應發揮自身的宏觀調控職能，加大宣傳力度，宣傳方式應由單一化轉變爲多樣化。例如，政府可以組織專家講座、座談會議、交流會議，轉變企業管理人員的認知結構，使企業管理人員能夠認識到企業實施內部控制審計對企業發展的重要性。此外，透過開展宣傳活動，還應使企業管理人員認識到內部控制制度的實施，會提高企業的管理水平，強化企業防範風險的能力，維護市場經濟發展秩序，能夠爲企業獲得更多的經濟收益，加快企業的發展進程。
（三）改進和完善內部控制審計指引