獨立審計準則是規範審計行爲的權威性標準，其建立目的是促使註冊會計師獨立、客觀、公正地按統一的執業準則執行審計業務，以提高審計工作質量和執業水平，促進社會主義市場經濟的健康發展。獨立審計準則的制定與實施，對促進註冊會計師審計工作的一蔬菜，起了十分積極的作用。然而，我國的獨立審計準則體系並不完善，還存在以下一些問題。
一、獨立審計基本準則中產問題
《獨立審計準則》序言中規定：獨立審計準則體系由獨立審計基本準則、獨立審計具體準則與獨立審計實務公告、執業規範指南三個層次組成。按序言的表述基本準則應對具體準則和實務公告有統馭指導的作用，但筆者透過對準則的研究發現，有些並非如此，基本準則共分五部分，除總則和附則外，一般準則、外勤準則、報告準則構成了主體部分。下面就其中一般準則和報告準則的內容分別說明。
1、一般準則，在總則第2條中，獨立審計被定義爲“註冊會計師依法接受委託，對被審計單位的會計報表及其相關資料進行獨立審查並發表審計意見。”第3條規定：“本準則適用於註冊會計師對任何單位會計報表及其相關資料進行的以發表審計意見爲目的的獨立審計。”而準則第4條規定：“獨立審計的目的是對被審計單位會計報表的合法性、公允性及會計處理方法的一貫性發表審計意見。”由此帶來一個問題：獨立審計不但包括會計報表審計，也包括驗資、盈利預測審覈、破產清算審計等特殊的審計業務，這些業務也是以發表審計意見爲目的，符合獨立審計的定義，但它們的審計目的又顯然不符合第4條的規定。審計目的既然被寫入基本準則，就應適用於所有獨立審計，不能對一些適用而對另一些又不適用。
2、報告準則。報告準則中的問題與一般準則很相似。報告準則第22條規定，審計報告應當說明被審計單位會計報表的編制是否符合國家有關財務會計法規的規定等。第23條規定，審計報告包括無保留意見、保留意見、否定意見和拒絕表示意見四種類型。顯然，此處的審計報告特指對會計報表發表審計意見的報告，而不是針對所有審計業務而言的廣義審計報告。既然準則序言和基本準則的總則中都明確了驗資等特殊業務也屬獨立審計範圍，那麼，在基本準則的報告準則中，僅針對會計報表審計這種類型的審計進行指導，未免有以偏概全之嫌。
二、獨立審計具體準則中的問題
1、會計報表審計準則。獨立審計具體準則是依基本準則制定的註冊會計師執行審計業務的具體規範。它與實務公告同處準則體系的第二層。但個體準則第1號的內容來看，它既不是審計業務的具體規範郵局不是具有指導意義的基本準則。有人認爲，指導會計報表審計的具體準則內容較複雜零散，制定一個會計報表準則，有處於形成系統完整的具體準則概念，因而此準則是其他具體準則的統帥。照這樣理解，具體準則第1號可以作爲一個單獨的層次，準則體系就不是三層而是四層了。事實上，第1號準則確實缺乏具體規範的作用。比如對審計任務約定書、審計計劃、審計工作認錯稿和審計報告均有專門的具體準則進行規範，在第1號準則中它們出均被提及，但筆墨相當節約，有些是對基本準則相應內容的重複或簡單擴充，有些甚至比基本準則還要簡約。例如，基本準則第15條規定：“註冊會計師方興未艾當將審計計劃及其實施過程、結果和其他需要加以判斷的重要事項，記錄於審計工作認錯稿。”而第1號具體準則第19條規定：“註冊會計師應當對審計工作進行記錄，形成工作認錯稿。”這是具體準則對形成工作認錯稿的唯一說明。人們不禁要問：具體準則具體到何處了呢？並且在報告部分，也會發現同樣的問題。
2、重要性準則。重要性的定義在該準則第2條：“本準則所稱重要性，是指被審計單位會計報表中錯報或汛報的嚴重程度，這一程度在特定環境下可能影響會計報表使用者的判斷或決策。”這個概念高度抽象，報表使用者的羊斷或決策的要求都會不同，第2條針對的是哪一類報表使用者，也就不甚明確了。
另外，該準則第19條至第23條，列舉了評價審計結果時對重要性應加以考慮的種種情形，但筆者認爲，準則中的考慮仍有不完善之處。從表面上看，準則似乎概括了所有方面：註冊會計師在評價審計結果時，應當彙總已發現但沿未高速的錯漏報。彙總數如果超過重要性水平，應追加審計程序或提請被審計單位高速報表；如果彙總數接近重要性水平，由於該彙總數連同尚未發現的錯漏報可能超過重要性水平，註冊會計師也應追加審計程序或提請被審計單位高速如果未追加審計程序或被審計單位拒絕高速報表，註冊會計師方興未艾當發表保留意見或否定意見。
在這裏，既定的'重要性水平成了評價審計結果的唯一標準，但實際上，重要性水平的數值應隨着審計具體環境的不同而有所變化。特別是當一個公司處於盈虧臨界狀態或實際盈利與預測盈利只距一步之遙時，只需一項秀小的錯漏報就可使公司達到目標。這時應當從對報表整體造成影響的角度確定重要性水平，而在準則第11條羊斷重要性水平應考慮的五個因素中，並沒有提及錯漏報對報表整體的影響程度。我國《證券法》規定上市公司連續三年虧損要暫時停牌，假設一家公司連續兩年虧損，第三年只與盈虧平衡相差3%，那麼它很有可能製造一些小錯誤去補足這個差距，而如果註冊會計師用5%的重要性水平衡量錯漏報，則這3%的小錯誤是不重要的，可以出具無保留意見的審計報告，但這樣的報告多多少少會誘導一些投資者作出錯誤決策。
註冊會計師執業質量的提高在很大程度上有賴於獨立審計準則的完善，因此理論界應加強對準則的研究，爲建立邏輯連貫、結構清晰、明確具體、操作性強的獨立審計準則提出建議，使其不斷完善，以便更好地發揮其應有的作用。