儘管治理會計研究取得了一定成果，但相對財務會計的研究而言，治理會計研究出現了停滯不前的局面。自20世紀80年代末，美國的約翰遜和卡普蘭兩位教授發表了《相關性消失了——治理會計的興衰》以來，治理會計研究面臨來自各方面的挑戰和責難。各國會計學界紛紛發表論文和專著對傳統治理會計研究提出批評，如英國特許治理會計師協會先後推出《治理會計——而非革命》、《治理會計——發展的方向》，我國會計界學者近年來也紛紛發表文章，對我國治理會計研究現狀與發展方向進行反思與探討。如何熟悉治理會計研究的現狀，這是我們必須思考和解決的現實。
在國內，爭論主要集中在：
1、治理會計能否獨立成科。對這個題目主要有三種觀點：一種是獨立成科，與財務會計一起形成會計學的兩個分支。該觀點以爲治理會計廣泛吸收行爲、治理科學、數學以及學等學科的精華，有自己獨立的特點，應獨立成科。二是將治理會計分割到財務會計和本錢會計中。該觀點以爲治理會計的基礎是本錢會計，現行治理會計有些內容與本錢會計重複，可以將兩個學科合併形成本錢治理會計；另外一部分內容分割到財務會計中。三是治理會計、財務會計和本錢會計並列存在，對三門學科的內容進行重新整合，形成獨立的特色。
2、治理會計學應包含哪些內容。主要觀點有：治理會計不獨立成科，將本錢習性、變動本錢法、本錢猜測、本量利、決策本錢、質量本錢、責任本錢、戰略本錢治理、人力資本治理、作業本錢治理等納進本錢會計，將短期及經營決策、長期投資決策、猜測控制、責任會計等納進財務會計；治理會計獨立成科，即將上述內容全部納進治理會計。
3、治理會計體系是否成熟。普遍觀點以爲治理會計理論體系不完整、學科體系不規範。理論體系不完整表現在對象不清、職能不清、目標不清和研究不清；學科體系不規範表現在學科內容混亂，沒有一個清楚的主線把治理會計的內容串起來，體系是殘缺的。
4、治理會計研究方法應包含哪些。科學研究方法包括方法、亞哲學方法和具體研究方法，針對治理會計研究方法又包括規範研究和實證研究，實證研究方法在治理會計中又有實地研究、經驗研究、案例研究等。現在人們普遍批評規範研究的方法，以爲其方法帶有主觀價值觀，實際價值小；而以爲實證研究具有客觀性，能用事實說話。現實中人們又批評實證研究數學模型太多，實務職員大多看不懂。最近幾年在中西方盛行案例研究方法，以爲此種方法有很大實際價值。
5、治理會計研究是否落後實際需要。傳統治理會計主要以內部眼光看待發展，已不適應環境的要求，特別是在企業推行適時制生產系統、全面質量治理、使用大型機生產設備的條件下，如何分配用度，評價業績等，傳統治理會計方法顯然不能解決一些新題目。假如治理會計研究不能緊跟環境的變化進行變革，其職能就滿足不了企業治理的需要。
國外的主要觀點有：
1、北美國家的一些機構運用實證會計研究方法，得出結論以爲治理會計正面臨危機，應該對現行治理會計進行改革，原因在於傳統治理會計系統不能取得、加工處理和傳遞那些在進階製造環境中做出的財務和經營決策所需的數據。他們以爲治理會計落後於，特別是鑑於科學技術的發展和麪臨設計新的內部會計系統的挑戰。現在很多公司治理會計仍然被當成基本上是爲了滿足財務會計的需要，治理會計感覺是對財務報告的目的有用，因此必須進行變革。
2、和北美相比，英國治理會計界還沒有感覺到危機。這或許與英國經濟狀況不佳有關。然而，經濟的低迷迫使公司經理進步了對會計資訊的關注程度，很多英國公司已經提出治理會計事務改革的標準化要求，他們對戰略上風進行特別關注，以爲治理會計需要培養對市場營銷題目和程序的理解，需要結合組織活動中的戰略因素，引導會計資訊更加恰當並滿足決策制定的需要。