我國個人所得稅自１９８０年９月開徵至今已有２０多個年頭，經過多年來的探索、改革和嘗試，這一稅種的徵收管理水平得到了提高，徵管力度得到了加強，個人所得稅的徵收工作取得了很大的成績，爲國民的健康和公共事業的快速建設作出了應有的貢獻。但毋庸諱言，從實際實施的情況來看，現行的個人所得稅無論是徵納模式還是徵納均還存在一些缺陷：
１．不利於國民納稅意識的提高。我國稅法規定，個人所得稅扣繳義務人支付個人所得應納稅時，不論納稅人是否屬於本單位人員，均應代扣代繳其應納的個人所得稅稅款，扣繳義務人應扣未扣、應收未收稅款的，由扣繳義務人繳納應扣未扣、應收未收稅款以及相應的滯納金或罰款。這個規定有利於透過稅源扣繳個人所得稅，從而從源頭上控制個人所得稅流失。但其負面是將個人所得稅流失責任更多地歸咎爲扣繳義務人，導致我國長期以來個人所得稅收入過多地依賴支付單位的代扣代繳，個人所得稅的納稅申報工作由支付單位包攬，納稅人無需同稅務部門聯絡、無需辦理納稅申報手續，也拿不到稅票證明，造成納稅人被動納稅，根本不瞭解稅法和納稅方式，更沒有把納稅作爲一種應盡義務，不利於納稅意識的提高。
２．納稅人經濟活動的複雜化造成稅基的複雜化，稅負不公平越來越明顯。
（１）收入單一與收入多元化的稅負不同。通常情況下，收入來源越單一，稅負越重；收入來源越多，偷逃稅也越多。如：月收入均爲４ ０００元的兩個納稅義務人，一人供職於一個單位，每月發放薪水時由單位代扣代繳個人所得稅：（４ ０００－８００）×１５％－１２５＝３５５（元）。而另一人則供職於５個單位，每個單位的薪水收入均爲８００元，每月發放薪水時５個單位由於無法掌握其隱性收入均不代爲扣繳，實際稅負爲零。
（２）收入時間差異導致稅負不同。對於兩個年收入相同的納稅義務人來說，由於收入實現的時間不同，其稅負也就不同。每月收入均衡者稅負較輕，每月收入不均衡者稅負較重，而且各月收入不均衡程度越大，稅負越重。如：兩個年收入均爲６０ ０００元的納稅人，一人每月收入均衡（均爲５ ０００元），則全年應繳個人所得稅：［（５ ０００－８００）×１５％－１２５］×１２＝６ ０６０（元）。而另一人每月收入不均衡，１ ～ １１月每月收入８００元，１２月一次性取得工資及獎金５１ ２００元，則全年應繳個人所得稅：（５１ ２００－８００）×３０％－３ ３７５＝１１ ７４５（元），兩者相差高達５ ６８５元。
（３）不同性質的收入稅負不同。由於按月和按年納稅的應稅所得采用超額累進稅率，按次納稅的應稅所得采用比例稅率，當應納稅所得額達到一定數額後，採用超額累進稅率的應稅所得其邊際稅率要高於採用比例稅率的應稅所得，導致應納稅所得額越高，採用超額累進稅率的應稅所得其邊際稅率也越高，稅負越重；反之，當應納稅所得額小於一定數額時，採用比例稅率的應稅所得其邊際稅率就高，稅負也重。如：某人一次性取得勞務報酬４萬元，其應納個人所得稅爲：４０ ０００×（１－２０％）×３０％－２ ０００＝７ ６００（元），而同等數額的當月工薪所得，則要交納個人所得稅爲：（４０ ０００－８００）×２５％－１ ３７５＝８ ４２５（元），儘管勞務報酬所得一次性收入畸高的實行了加成徵收，但其稅負仍低於工薪所得。
３．對收入監控不力。我國個人所得稅採用粗放型的徵收方式，對納稅人基本情況沒有詳細的登記，沒有在全國範圍內建立起對個人納稅的機管理，個人所得稅收入主要來源於易監控和管理的應稅所得項目，對於來源分散、不固定的以及隱蔽性收入，因缺少化的徵管手段，受時間和地域的限制而缺乏監控，難以據實徵納。
４．納稅過程繁瑣。由於個人所得稅稅率結構複雜、費用扣除實行定額與定率相結合、非專業人士對減免稅項目不能準確把握等原因，納稅人在填寫納稅申報表、計算應納稅額時頗費周折，而且每月或每次取得收入後都要進行納稅申報，加上申報方式單一，大多由本人或委託他人去收入來源地的主管稅務機關申報納稅，整個納稅過程相當繁瑣。據２００２年經濟景氣檢測中心會同中央電視臺《中國財經報道》對居民的訪問調查結果顯示，在未按規定交納個人所得稅的受訪居民中，有３６．９％的居民抱怨納稅過程繁瑣，沒有時間辦理。