一、部分“營改增”試點企業稅負增加的具體原因
(一)原因之一:增值稅稅率相對以往稅率較高。
即營業稅改增值稅後試點企業適用的增值稅稅率高於以往的營業稅稅率，是企業稅負提高的一個重要原因。有形動產租賃與交通運輸業的營業稅稅率分別是5%和3%。而“營改增”之後，有形動產租賃業要根據17%的增值稅稅率繳稅，而交通運輸業要根據11%的增值稅稅率繳稅，分別提升了12%和8%。
(二)原因之二:經營期間的投入比率相對較低。
企業成本可分爲內部人力人本及服務成本與外購產品兩類，而可以成爲增值稅進項進行抵扣的僅僅是服務成本與外購產品(即中間投入)，企業的內部人力成本則因爲沒有納入營業稅改增值稅範圍而不可以抵扣。所以在這種情況下，以人力投入爲根本成本的而經營期間的外購產品和服務成本相對較少的密集型服務行業，准許抵扣的進項稅額就很難足額的扣減銷項稅，從而容易在造成稅負的提高。
(三)原因之三:存在更新週期較長的固定資產。
在營業稅改增值稅前，很多試點企業剛剛完成固定資產的更新，使得短期內很難有需求去大規模購置固定資產，所以也就沒有可以用於抵扣的大額進項稅，間接的.提高了企業稅負。原因之四:營業稅改增值稅試點範圍有限。由於營業稅改增值稅試點範圍的還不是全部行業，就使得不能充分和完全的外購服務的進項抵。由於現階段營業稅改增值稅試點只在於電信業、部分現代服務業、郵政業、交通運輸業，當試點企業購買的服務尚未納入營業稅改增值稅試點範圍時，就無法取得有效憑據進行稅款抵扣。
二、辯證地分析“營改增”並提出建議
(一)部分“營改增”試點企業稅負“不減反增”現象的持續性
從影響時間的長短來看，造成部分試點企業稅負提高的成因具有短期性。短期性成因是“營改增”試點範圍有限。“營業稅改增值稅試點範圍有限這一因素，它的影響具有暫時性，這是因爲營業稅改增值稅稅制改革的最終方向是實現增值稅對全國範圍內各行各業的全面覆蓋。所以，隨着營業稅改增值稅試點範圍的不斷擴張，難以取得有效憑證進行進項抵扣的問題將慢慢得到解決。當營業稅改增值稅稅制改革全部轉型，增值稅抵扣鏈條逐步完整時，這種影響因素也就不會存在了。
(二)正確看待“營改增”試點中部分企業稅負”不減反增”現象
營業稅改增值稅試點中所出現的有些企業稅負提高的現象，儘管對營業稅改增值稅稅制改革試點帶來了一定的負面影響，可是它是一種局部性的矛盾。在納入營業稅改增值稅試點範圍的465戶企業中，稅負下降的企業佔比近35%，爲157戶，我們的抽樣調查問卷結果也表明，最少有64.4%的企業認爲營業稅改增值稅後稅負基本不變或減輕。需要指出的是，對於營業稅改增值稅稅制改革成效的評價不應該僅僅靠企業稅負增減這一標準來衡量。營業稅改增值稅作爲當前國家結構性減稅政策的重頭戲，在有助於消除服務業重複徵稅之外，還有更深遠的意義。在營業稅制管理下，生產性服務業的一體化和分工細化發展受阻，減少了工業部門對生產性服務行業的總需求，使得對生產性服務業也就是第三產業產生了畸形的抑制和扭曲，所以，營業稅改增值稅爲促進生產性服務業企業（第三產業）做大做強、加快先進製造業和現代服務業的融合發展、提高生產性服務業專業化分工程度創造了良好的稅制空間。因此，從深層面來看，能夠提高居民福利切推動了產業轉型，纔是評價“營改增”成效的最主要標準。