隨着會計電器化的廣泛應用，傳統內部審計面臨着新的挑戰，從而出現了電算化會計系統的內部審計。
一、計算機會計系統內部審計的特點
計算機會計系統內部審計的特點，首先是審計的系統性，要對數據、硬件、軟件等各種要素進行系統的和檢查，才能確定輸出結果的正確性，作出可靠的審計結論。第二是審計的複雜性，這是由被審系統數據處理方式、數據貯存方式、系統控制方式、應用系統和計算機輔助審計技術的多樣性和複雜性所決定的。第三是審計資料的隱蔽性、敏感性和易逝性，這是由於審計線索主要以兩種形式存在：一種是肉眼可以看見的審計線索，如輸進的原始憑證、記賬憑證等原始檔案、打印出來的會計賬簿、會計報表等；另一種是肉眼看不見的，如存儲在軟盤或硬盤上的會計數據庫資料等。第四是審計的執行性，即在不斷執行的系統中進行審計和監視。
二、計算機會計系統內部審計的
內部審計可以從硬件和軟件的系統控制和實質性審查兩個方面來進行審計。
l、內控制度的審計。對內部控制制度的審查與評價，既是審計的基礎，又是審計的條件。從實施的角度來看，內部控制有些是透過程序來實施的，有些則是透過制度約束來實現的。透過程序的設計和執行來實施控制的“程序化”控制，和透過建立治理工作制度來完成控制的“制度化”控制，必須透過內部審計來確保實在施，才能使計算機會計系統的安全、可靠和穩定得到雙重保險。在電算化條件下，固然仍要審查傳統審計的一些內容，但重點主要在於系統軟硬件及數據的內部控制。
內部審計職員應在本單位以上各方面制度的制定過程中，積極發揮顧問作用，並在以上制度的實施過程中，定期審計或突擊檢查，查找內部控制的.弱點，提出改進措施，使制定的內部控制制度得以執行，以保證會計數據的安全性、有效性、完整性和正確性。
2、實質性審計。在手工條件下，審計主要是對書面資料進行審查。在電算化條件下，會計覈算由計算機在程序的控制下完成，除了審查輸進和輸出數據，還要審查電子計算機程序和貯存在機內的數據檔案。因此審計工作重點轉移至對會計軟件正當性、正確性的審查和對機內數據檔案的審計方面。
三、計算機會計系統內部審計的
針對電算化會計系統審計的特點，結合本系統的工作實際，我們已由以前的“繞過計算機”的審計方法，轉向在計算機輔助審計的基礎上進行“透過計算機”的審計方法：
1、調查法。內部審計職員雖對本單位電算化系統的情況、使用效果以及存在的有所瞭解，但還應查閱有關的檔案資料，對有疑點的題目重點進行調查瞭解，編制《電算化會計系統審計調查問卷》，請有關職員回答。調查問卷表的主要應根據審計要求確定，一般包括：電算化會計系統所採用的機型、操縱系統情況、財務軟件來源及使用情況，替換手工記賬情況，系統的治理、維護、執行和操縱等方面的內容。
2、控制法。機會計系統的內部控制制度是保證數據處理質量的基礎，也是內部審計的基礎。根據財務特點，描繪出某項會計業務處理過程的控制流程圖，找出這一會計業務處理過程的全部控制環節，檢驗系統軟硬件及數據的安全保密措施。等級口令密碼等是否齊備，故障恢復措施是否有效；系統開發文檔是否完整規範；數據輸進正確性控制措施是否有效；會計軟件操縱治理制度、會計檔案保管制度等是否健全並認真執行。
3、法。對會計軟件的審查要上溯到系統開發。審批及維護情況的分析檢查。審計職員對系統開發的審計，有助於阻止非法或錯誤的需求進進系統。在系統分析階段，審計職員透過對系統分析階段的工作及控制的審查，確認系統需求的正當性、合規性和公道性，其中包括滿足內部控制和審計線索的要求。在系統設計和開發過程中必須提出審計要求，系統的各種數據檔案都應儲存充分的審計線索，將會計數據檔案以可審計的形式進行存儲儲存。審計職員可利用計算機方便地獲取本單位會計數據檔案，以達到審計的目的。