1、內容安排的主要問題
一篇好的畢業論文，應該思路清晰、佈局合理、結構緊湊，因此，篇章結構在畢業論文的寫作中佔有極爲重要的地位。畢業論文的結構是畢業論文內容的載體，是畢業論文的骨架，它是指根據論文的中心論點的需要，對手頭的材料所作出的組織、安排和佈局。畢業論文站內的安排也是。作者觀察事物、分析問題、論證事理、匯出結論的思維活動的條理性、規律性在論文中的具體體現。
對於畢業論文來說，最好“起句即切題”，即說不離題;“單刀直人”，即不繞彎子，直截了當，不拖泥帶水;不要“綿密周致”，則是講論文開篇最忌細緻、周到。寫論文是給讀者看的，不要先把結論大講一通，人家還不做你的結論。應該按照你研究的過程來引導讀者的思路，你怎麼研究的，就怎麼寫，從頭講起，引導讀者逐漸深人，逐漸到你的結論上來。所以，好的論文，開門見山，起句入題，而後由淺入深，由簡到繁。
畢業論文的主體，是畢業論文中最重要的部分，整個論證過程在此展開。這部分必須根據論題的性質，或正面立論，或批駁不同的論點，或解決某些疑難問題。可以透過第一手資料或第二手資料、數據和多角度的充分的理由，周詳地、多層次地、多個角度、多方面進行分析。論證與闡釋，並從這些問題的聯繫之中闡明中心論點。本論部分內容是否充實，論證是否得體，將決定全文質量的高低，是畢業論文寫作成敗的關鍵。
畢業論文的結尾，是圍繞本論所作的結束語。其基本的要點就是總括全文，加深題意。這一部分要對緒論中提出的、本論中分析或論證的問題加以綜合概括，從而引出或強調得出的結論;或對論題研究未來發展趨勢進行展望;或對有關論題進行簡要說明。結論切記草草收兵，虎頭蛇尾，或畫蛇添足，拖泥帶水。
在畢業論文末尾要列出的參考文獻是指在論文中使用過的，包括專著、論文及其他資料。如果是非正式出版物則不必列出。所列的參考文獻應按論文參考或引證的先後順序排列，不能以文獻的重要程度或作者知名度爲排列的順序標準。列出參考文獻的目的在於：一是表示言之有據;二是對他人研究成果的真正尊重;四是方便他人查找、使用。
2、內容結構安排的其他問題
(l)段落和層次
段落和層次是畢業論文結構的核心。
①段落。段落是文章結構的單位標誌，一段一個意思。段落還有一些特殊的作用，如過渡。轉折或強調等各分論點等。層次以1做“意義段”，段落叫做“自然段”。
段落表示行文的停頓。論文的段落一般應包含論點、論據和論證過程，完整地表達一箇中心意思。一般來說，每段都有自己的“段意”，正如全文有一箇中心思想(主題)一樣。全段圍繞一箇中心論點展開，這個論點一定要用精煉的語言概括出來，我們稱它爲段中主句。爲了突出重點，段中主句通常放在段首;也有的放在段尾，起歸納總結的作用。
段落劃分的長短，沒有一定的標準。段落的長短同文章篇幅長短有關。長文章的段落可以相對長些;短文章，節奏快，段落可以相對短些，總之，段落的長短要適度。一般說來，論文的段落，相對其他文體要長一些。如果段落過短，會影響對某一論點論證的展開。但若段落過長，議論分散，勢必造成論文結構失衡，同時，也會給讀者的理解造成困難。有些大學生的論文，在結構方面很明顯的缺點是段落過長，一個自然段佔了幾頁稿紙，讀起來一大段，不僅費力，有時還不知所云。從技巧上說，這是不善於劃分段落，該另起一段的時候，沒有另起一段;從思路上說，是說理層次不夠清楚，幾個意思糾纏在一起，理不清頭緒。
②畢業論文的層次是指論文內容安排上的先後次序，也是畢業論文展開的步驟。它是作者寫作思路的直接反映。它表現出事物發展的階段性，或客觀矛盾的各個側面，或某一論斷所包含的幾個方面，或人們表達思想的先後步驟。
在畢業論文中，最常見的安排層次的方式有三種：一是層進式，即論文的各層意思之間是層層推進的關係。各個分論點作爲中心論點的論據，呈現出一種縱向聯繫的層次關係。二是總分式，即採用“總題分述”的方式，先總括起來說，然後分開說;或者先分開說，最後再總結。三是並列式，即論文各層意思之間是並列關係，各分論點的段落相互平行，從各個不同的角度論證中心論點，各個分論點呈現出一種橫向的內在聯繫。
正文中的'各個層次如果用數字表示，一般要用不同類型或種類的數字。第一層次爲：一、二、三、四、……;第二層次爲：(一)(二)(三)(四)……;第三層次爲：l、2、3、4……;第四層次爲：(l)(2)(3)(4)……;第五層次一般用一是、二是、三是、四是……或首先、其次、再次、最後等序列詞，以標明幾層意思、幾個方面之間的聯繫，或者用詞語的重複來表示思路的層次。
層次和段落有着密切的關係。層次，着眼於文章內容的劃分;段落，側重於文字表達的需要。它們之間，有時是一致的關係，即文章段落的劃分正好反映內容的層次;有時，層次大於段落，即幾個自然段表達同一個層次的內容;有時，段落大於層次，在一個大的自然段裏，又可以劃分爲若干個小層次。
(2)過渡和照應
文章是一層一層遞進，一段一段展開的。爲了使它脈絡貫通，線索分明，上下前後渾然一體，經常需要在某些部位安排“過渡”和“照應”。過渡，是上下文之間的銜接和轉移。沒有必要的過渡，文章各個部分、各個層次之間可能脫節以至於鬆散。一般地，在論文由總到分、由分到總的開合關鍵處，或者論文內容一層意思到另一層意思的轉移處，需要過渡，從而起到承上啓下的作用。過渡的形式有過渡段、過渡句或聯接詞語等。照應，是前後文之間的相互關照、呼應。前有交代，後有照應，或前有“伏筆”，後有照應。
過渡和照應不僅能使論文上下前後內容連貫，結構緊湊，而且也是論述逐步深人的方法。在句與句之間，段與段之間，開頭與結尾之間，或正文與開頭、結尾之間，在必要的地方都應該安排某種形式的交代和照應。如果論文缺乏必要的過渡和照應，或過渡牽強，照應欠妥，就會造成結構的脫落散亂。