畢業檔案不處理，又稱“棄檔”，有三大弊端 ：
畢業生的人事檔案記錄着學生的個人經歷，包括各個時期的學籍卡、成績單、獎懲證明、黨團資料、工作經歷等，並且都是原件。
當畢業生參加工作後，會面對如轉正定級、職稱申報、養老保險辦理、人事調動、社保福利、工齡計算、繼續深造(如出國、考研)、考公務員等問題，這些方面都離不開檔案。因此，高校就業指導中心提醒高校畢業生，檔案看似一時用不到，但“棄檔”會使個人的一些權益無法得到保障。
首先，會影響個人利益。有了檔案，就可以享受到相關的人事、勞動、社會保障服務，如辦理社會保險、失業保險等。無論是在原單位供職的人，還是辭職後另謀新職業者，在辦理社會保險、領取失業金時，個人檔案記錄的工齡、工資、待遇、職務、社保參保年限等都是主要依據。
其次，會影響畢業生轉正定級和工齡計算。很多大學畢業生找到工作後，沒有及時辦理參加工作手續，工作幾年後仍然是學生身份，從而影響了自己的`轉正定級。
畢業生想換工作，沒有檔案，在原單位的工齡就不能計算進來，雖然現在有的單位可以補辦新檔案，但以前的經歷、評價、身份等歷史將不復存在，勢必會造成一定損失。
第三，會耽誤職稱評定和工作調轉。有的畢業生自大學畢業後，檔案既沒有提交單位，也沒有存在政府指定的人才服務中心，職稱評定就會因手續不全而受到影響。
有人雖在畢業後把檔案存到了人才服務機構，但沒有及時辦理就業手續，等到幾年後調動工作時才發現需要辦理參加工作後的所有手續，並要在轉正定級後才能正式調動。
“棄檔族”補救方案
1.把檔案留在人才服務機構但一直沒有理會的，只要辦妥相關手續，就可將檔案關係理順;
2.“口袋檔案”要儘快向人才服務機構諮詢，若檔案袋被開啟，裏面的資料就得經相關部門覈實，若檔案資料遺失，還要到原單位去補充和確認;
3.“跳槽”人員將檔案遺留在原單位長期未辦理轉檔手續的，要與原單位協商，解決跳槽後的遺留問題，以便及時將檔案轉交;
4.對於那些不知檔案在何方的，則可以向學校、原戶籍所在地的人事部門及第一份工作的用人單位諮詢。