由於財務會計與稅收會計的差異，納稅人往往對可供出售金融資產、內部研發無形資產和投資性房地產的所得稅處理不當，遭受損失。納稅人在進行上述業務處理時，應遵照稅法的規定。
可供出售金融資產的處理
可供出售金融資產，通常是指企業沒有劃分爲以公允價值計量且其變動計入當期損益的金融資產、持有至到期投資、貸款和應收款項的金融資產。在會計處理上，資產負債表日，可供出售金融資產應當以公允價值計量，且公允價值變動計入資本公積(其他資本公積)。處置可供出售金融資產時，應將取得的價款與該金融資產賬面價值之間的差額，計入投資損益;同時，將原直接計入所有者權益的公允價值變動累計額對應處置部分的金額轉出，計入投資損益。
在稅務處理上，可供出售金融資產屬於企業所得稅法第十四條規定的投資資產。對於可供出售的金融資產，在公允價值變動、計提資產減值損失、出售時會計和稅法都可能存在差異，需要作出相應的調整。
內部研發無形資產的處理
《企業會計準則第 6號——無形資產》規定，企業內部研究開發項目的支出，應當區分研究階段支出與開發階段支出。研究階段的支出，應當於發生時計入當期損益;僅對於開發階段中發生的部分支出，在符合一定條件的情況下，才能計入無形資產的入賬價值。內部研發無形資產的`後續計量主要是對使用壽命有限的無形資產才需要在估計使用壽命內採用系統合理的方法進行攤銷;對於使用壽命不確定的無形資產，在持有期間內不需要攤銷，但應當在每個會計期間進行減值測試，如經減值測試表明已發生減值，則需要計提相應的減值準備。
企業所得稅法規定，內部研發無形資產，以開發過程中該資產符合資本化條件後至達到預定用途前發生的支出爲計稅基礎;在計算應納稅所得額時，企業爲開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除;形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷;未經覈定的內部研發無形資產減值準備金支出，在計算應納稅所得額時不予扣除;自行開發的支出已在計算應納稅所得額時扣除的無形資產不得計算攤銷費用扣除，在計算應納稅所得額時不予扣除;無形資產的攤銷年限不得低於10年。
投資性房地產處理
企業會計準則規定，投資性房地產，是指爲賺取租金或資本增值，或兩者兼有而持有的房地產。企業所得稅上對投資性房地產的處理，應依據企業所得稅法對固定資產和無形資產的相關規定進行。
關於後續支出問題，企業會計準則規定，投資性房地產發生後續支出時，如果該支出將會引起相關的經濟利益很可能流入企業而且該支出的成本能夠可靠計量，就應該將其資本化，計入投資性房地產的成本;如果不能滿足上述條件的，應當在發生的時候直接計入當期損益。企業所得稅相關法規規定，符合下列條件之一的固定資產修理，應視爲固定資產大修理支出：1.發生的修理支出達到固定資產原值20%以上;2.經過修理後有關資產的經濟使用壽命延長2年以上。納稅人的固定資產修理支出可在發生當期直接扣除。納稅人的固定資產大修理支出，如有關固定資產尚未提足折舊，可增加固定資產價值;如有關固定資產已提足折舊，可作爲遞延費用，在尚可使用年限的期間內平均攤銷。
關於計量問題，會計準則規定，對於採用公允價值計量模式投資性房地產，其會計處理在企業所得稅上不予確認。在沒有減值跡象，採用成本計量模式的會計處理與企業所得稅處理基本一致，在存在減值跡象的減值損失不允許扣除。
關於轉換問題，企業將投資性房地產轉換爲一般性固定資產或無形資產有三種情形：一是企業將原採用成本計量模式計價的投資性房地產(沒有提取減值準備)，轉換爲一般性固定資產或無形資產時，會計和企業所得稅對資產的計價基本一致;二是企業將原採用成本計量模式計價的投資性房地產(已提取減值準備)，轉換爲一般性固定資產或無形資產時，會計和企業所得稅對資產的計價不一致;三是企業將原採用公允價值計量模式計價的投資性房地產，轉換爲一般性固定資產或無形資產時，會計和企業所得稅對資產的計價不一致。