一、食品企業內部控存在的問題
1.控制環境較差，管理當局缺風險管理的經營理念
食品行業的准入的門攬通常較低，致使該行業內管理人員的管理水平整體不高。有些管理人員從來沒有參加過有關管理的學習或培訓，企業內控環境的較差。
2.控制活動不足，職責不分離
權責劃分是影響企業內控環境的一個方面。食品行業是勞動密集型的產業，待遇通常不高，較難吸引高素質人才。加上大多的中小食品企業都是從最初的作坊式生產發展爲規模化生產的民營企業，管理不是很到位，沒能區分好每一環節的職能責任。
3.對控制的監督不力
沒能及時評價控制的設計及其執行情況，也沒能採取必要的`糾正措施。
二、完善企業內部控制的措施
1.企業應營造一個良好的風險控制環境
首先應樹立全面的風險管理理念，建立風險管理責任制度，將風險管理責任和任務層層分解，落實到每一個員工身上，將責任履行與績效和獎懲考覈嚴格掛鉤，從經濟上、制度上約束和規範企業員工思想和行爲，從而保障風險管理目標實現。其次應健全食品安全風險管理機構，完善公司治理結構。設立由總經理管理的風險管理職能機構，具體負責整個企業風險管理實施，風險責任指標分解、風險責任履行記錄，風險責任評價與考覈；各部門車間設定風險管理專員具體負責風險責任糾偏、風險暴露損失統計以及資訊反饋等。第三，應培養員工的職業道德和勝任能力。企業應以講誠信、求質量，保安全等作爲職業道德規範，引導員工行爲。
2.強化對企業現行的食品安全風險管理體系的檢測、分析和評定
及時發現和檢測風險管理及企業內部控制制度的缺陷，瞭解員工對風險管理的的執行情況和執行結果，評價員工風險管理績效及食品安全風險管理的履責情況，獎優懲劣，促進員工更好履行風險管理職責，以保障全面風險管理目標實現。
3.建構和實施良好的風險控制體系
首先，實施全面質量管理，建立食品產品質量控制體系，保障食品產品質量。食品質量是保障食品安全的基礎，質量越好，相對而言，食品安全的風險越小。其次，實行標準化認證生產體系。應遵循相關國家食品企業作業規範，從原料、設施設備、人員、生產過程、包裝運輸、質量控制等方面按國家有關法規達到衛生質量要求，及時發現生產過程中存在的問題並加以改善。
4.強化資訊溝通及對資訊系統的管理
應加強資訊的傳遞和溝通，確保企業風險管理層及時瞭解風險存在的狀態，將有關指令傳達給員工；還應透過對政策、市場、顧客等資訊的瞭解和掌握，及時制定正確決策。
5.強化內部監督，建立食品安全監督評價機制
食品生產企業是個高風險的企業，應建立新的內部監督模式，將質量監督貫穿於整個生產鏈。由管理層統一調度，將內部監督與外部監督和第三方監督結合起來，最大程度的避免監督漏洞。食品企業作爲食品安全的第一責任人，必須嚴格規範自身的食品安全行爲。食品安全是食品生產企業的生命線，保證食品企業內部控制制度完整，有利於加強監督管理促進企業利益最大化目標的實現，良好的內部控制環境有利於實現企業利益的最大化。