南開大學自2005年開始開設藥學專業，在此基礎上經過周密籌劃與實地考查，於2007年3月份正式成立藥學院。藥學院以“打紮實基礎，求創新拓展”爲指導思想，爲配合濱海新區天津國際生物醫藥園的建設，計劃透過五至十年的努力，建設成爲具有適度規模、國內一流、具有南開特色的藥學院。
整體框架：藥學院由一個本科專業和四個研究所組成。本科專業爲藥學專業，強調加強基礎和專業基礎培養，能適應多方面需求，同時又有從事專門研究方向的訓練，符合培養進階研究型人才的需求。四個研究所爲生物技術藥物研究所、藥物設計與合成研究所、複方藥物研究所和藥物製劑與臨牀藥學研究所。
師資隊伍：藥學院在不斷髮展壯大中，預計今後教師人數達到90人左右，行政管理幹部10人左右。教師隊伍中實驗教學崗教師8至10人，學術帶頭人25至30人，其餘爲年青學術骨幹。藥學院建立新型的吸引人才、激勵人才、培養人才的機制，下大力氣引進業務精、素質高的國內外知名高水平學術帶頭人，力爭在5年內培養和引進院士1人，長江學者2人，傑出青年4人，教授25至30人。以重點建設的方向爲依託，構築若干個結構合理、學術精良、具有合作與創新精神的師資團隊，形成規模穩定、結構合理、梯次分明的高水平師資隊伍。
人才培養：創建研究型大學和有特色的現代藥學專業，聯合辦學，利用資源優勢積極申報碩士點和博士點，初步形成研究型大學人才培養的層次結構。目前，本科生每年招收一個班，共三十人，碩士生招收二十名。逐年發展到本科生招收二至三個班，共六十至九十人。研究生和本科生比例爲1：1，碩士生和博士生各佔一半。完善藥學專業的教育體系，初步形成培養高素質、創新型、具有國際競爭力人才的培養模式，開放創新的課程體系和完備的教學質量評估體系，提高學生培養質量。
學科目標：重點建設藥物化學、微生物與生化藥物、生藥學三個二級學科。爭取一至二年申請一個博士點和一級學科碩士點，三至五年建成一級學科博士點，五年後申請一個重點學科，十年後再申請一至二個重點學科，爭取實現藥學一級學科的重點學科。
合作共建：擬和天津國際生物醫藥聯合研究院共建如下研發平臺：基因藥物和蛋白藥物研發平臺、系統生物學平臺、現代中藥研發平臺、藥物及安全性評價平臺、新型藥物製劑和工程平臺及大型儀器公用平臺，實現人員、項目和儀器設備的共享。