大多數作者在撰寫發表SCI論文時，遇到的困難不外乎以下幾種：如思路或意思表述不充分，較頻繁的出現語言問題，又或是投稿毫無準備，以及不瞭解在線投稿介面等等。下面具體分析，並給出解決方法。
1、如思路或意思表述不充分
長期從事科研與論文寫作的一線醫學工作者的經驗告訴我們，如思路或意思表述的不充分多半就是源自文獻閱讀量不夠。一篇文章存在刊發的可能性不是因爲出現了陽性的結果，而是能爲其他醫學工作者提供學術指引，能解決別的研究未曾解決的學術問題。從以上方面看來，沒有一定文獻閱讀量就不會了解研究的進展，也不能爲本研究提供一個學術定位。SCI期刊審稿人在審稿的過程中並不看論文的結果是陰性還是陽性，最重要是看究竟有無學術意義。
2、語言問題
中文SCI論文作者都會遇到因一些語言問題而拒稿的情況。很多作者求助於翻譯公司，將中文論文翻譯爲英文。這是一種合理的途徑，但關鍵在於是如何選擇價位合理、品質保證的醫學翻譯公司。在選擇SCI醫學論文服務機構時，一定要對其實力進行綜合性考察，尤其是公司基本資質與無發表及審稿成功的經驗。資深編緝都瞭解，在進行sci論文翻譯時，不能只注重字面翻譯，而是根據SCI論文寫作的針對性特點對論文進行修改及翻譯。顯然，毫無醫學專業背景或根本就沒有過發表經驗的服務機構，是完全不足以勝任該項工作的。
3、投稿毫無準備
通常在投稿前要準備的材料包括選定目標期刊、修改論文基本格式、撰寫Cover Letter及推薦審稿人等等。這些資訊來源主要依靠登入期刊網站檢視相應欄目獲得。在這之中，很多作者將撰寫Cover Letter僅僅看成是一封簡單的信件，但實際上並非如此。具有豐富發表經驗的作者將Cover Letter視爲展現文章研究價值，促進文章審稿(而非直接拒稿)的必備之法。在Cover Letter中用簡短的句子就能全面概括論文的中心思想，加深編輯對文章價值的理解。
4、不瞭解在線投稿介面
多數網站的投稿介面是一種遞進式的程序介面，任何一步操作有誤或者資訊輸入格式不正確，最終都不能投稿。因此，必需先檢視投稿須知。論文發表過程中常遇到的問題就是選擇審稿人，此問題可根據期刊的相應檔次選擇適當審稿人，查找推薦審稿人的姓名及Email等等需要的.資訊。必需注意，最終還是由sci期刊來決定是否選用作者推薦的審稿人。
閱讀延伸：sci論文寫作常見問題剖析
結合多年的SCI論文翻譯及SCI論文潤色經驗，我們對國人常犯的幾大寫作問題進行深度剖析。
(1)漢語式英語。我們分析之所以出現該問題原因主要是大家寫論文時常用的方法是先寫中文，再翻譯成英文。這樣貌似給人一種“中文都寫出來了，英文還會晚嗎?”的感覺，其實不然。與其這樣，還真不如直接寫英文論文。很多同行們就是照着中文翻譯，比如說中文是一個很長的句子，結果翻譯成英語的時候也用一個很長的句子，這就是出現漢語式英語的最主要原因。要知道漢語與英語的習慣不同，寫作時甚至可以做很多的順序改動。
(2)論文寫作缺乏邏輯，寫作時不夠嚴密。舉個例子：某位作者方法中的一段話“本試驗旨在研究乳糖在腎衰患者血清中的水平，探討其與腎衰發病機制的關係，以及透過A藥物和B藥物干預，觀察治療前後各觀察指標的變化來評估藥物的臨牀療效。”注：內容根據提交論文進行拼湊的，不具備科學意義(取得作者授權)。翻譯首先是要明白作者的意思，所以要求有專業背景的人。這幾個句子的意思爲：本試驗旨在評價急性腎衰患者血乳糖水平與腎衰的關係，並對A藥物和B藥物干預的臨牀效果進行評估。譯文爲：To investigate therelation of serum lactose level and the mechanism of renal failure in patientswith acute renal failure, and to evaluate the clinical effects of drug A anddrug B.
(3)不知道如何寫討論。SCI論文的討論是結果的進一步深化，主要闡述其在不同研究中的定位情況，甚至還要滲透後續研究的方向。這樣的討論才符合期刊發表的要求。很多人的討論要麼是天馬行空，要麼就是侷限於文章結果的框架。建議大家多看一些國外高分期刊的文章，將其討論部分進行段落劃分，深度剖析一篇文章後，我想下筆就有些方寸了。