關於加班工資的計算基數，實踐中，區分情況處理：
(1)用人單位與勞動者已在勞動合同中明確約定了加班工資計算基數，且該計算基數並不低於當地最低工資標準的，可按照雙方約定計算加班工資;
(2)勞動合同中未對加班工資的計算方式進行明確約定，但用人單位在其內部規章制度中對加班工資進行明確規定，若該規章制度經過合法程序制定並已向勞動者公示，且該工資基數並不低於當地最低工資標準的，可以按照該規章制度的規定計算加班工資;
(3)在既沒有勞動合同約定，也沒有單位內部規章制度的規定的情況下，可以根據勞動者前12個月正常工作時間的平均工資計算，包括正常工作時間內的計時工資或者正常工作時間內的計件工資以及獎金、津貼和補貼等貨幣性收入。如果前12個月正常工作時間的平均工資低於當地最低工資標準的，則以當地最低工資標準爲計算基數。
【法律小連結】
惠州中院關於審理勞動爭議案件若干問題的會議紀要(試行)(2012年6月20日惠州市中級人民法院審判委員會第21次會議透過)
第十九條【加班工資的計算基數】雙方當事人約定加班工資基數的，按照約定處理;勞動合同沒有約定加班工資計算基數但約定標準工資的，按勞動合同約定的標準工資作爲加班工資計算基數;勞動合同沒有約定標準工資但實發工資列明工資構成的，可按實發工資中標準(基本)工資作爲加班工資的計算基數，其中不得將加班工資重複算入加班工資計算基數內，且加班工資的計算基數不得低於當地最低工資標準。
勞動合同既沒有約定標準工資且實發工資中未明確具體工資構成的，如雙方當事人對此長期未提出異議，可以參照當地同行業工資收入水平和雙方當事人勞動慣例確定加班工資計算基數，但該加班工資不得低於當地最低工資標準。
第二十條【計時加班工資的認定】用人單位應發工資高於勞動合同約定的正常工作時間工資，如果應發工資列明工資構成的，但工資構成無加班工資項目且用人單位也不能證實其他收入項目具有加班工資性質的，應當認定用人單位未支付加班工資;如果應發工資未明確工資構成的，但用人單位有證據證明應發工資包含正常工作時間工資和加班工資的，可以認定用人單位已支付的工資包含加班工資。但折算後的正常工作時間工資低於當地最低工資標準除外。
第二十一條【計件加班工資的認定】用人單位與勞動者有約定正常工作時間工資數額，按照勞動者的月工資總額、工作時間和法定加班倍數折算出的實際月正常工作時間工資數額不低於雙方勞動合同約定的正常工作時間工資的，可視爲用人單位已足額發放勞動者在延長工作時間、休息日和法定節假日的勞動報酬，否則按此標準補足;
用人單位與勞動者未約定正常工作時間工資數額，按照勞動者的月工資總額、工作時間和法定加班倍數折算出的實際月正常工作時間工資數額不低於當地最低工資標準的，可視爲用人單位已足額發放勞動者在延長工作時間、休息日和法定節假日的勞動報酬，否則按此標準補足。
第二十二條【高薪勞動者加班工資】對與用人單位已約定較高年薪制的企業進階管理人員、進階技術人員等，以及難以用標準工時衡量工作時間、勞動報酬而與用人單位約定實行較高年薪制的勞動者，其主張加班工資的，一般不予支援。
用人單位因安全、消防、節假日等需要，安排前款勞動者從事相應的值班任務，勞動者主張加班工資的，一般不予支援。勞動者主張按照勞動合同、規章制度、集體合同或慣例等支付相應待遇的，應予支援。
本條所稱較高年薪制工資是指月平均工資高於當地上年度在崗職工月平均工資五倍的工資。
第二十三條【靈活崗位的加班工資是否支援】對於在崗時間較長、勞動強度不大、工作時間靈活或間斷性、具有提成性工資性質等特殊行業崗位，應當充分考慮上述崗位的工作性質和當地勞動力價格水平，且尊重該行業和崗位工資支付的行規慣例，對於勞動者主張在標準工作時間以外的加班工資，從嚴掌握。