1、總的方法：順其自然，單件歸檔。即順應檔案形成的本來狀況，以自然件爲歸檔單位，逐件整理歸檔。
2、“件”含義
(1)單份檔案，一份檔案爲一件;
(2)正件與附件合爲一件;
(3)來文與覆文(請示與批覆、函與覆函)合爲一件;
(4)會議記錄、會議紀要成套性材料每次(期)爲一件;
(5)各種報表、名冊、圖冊等，一冊(本)爲一件。
3、分類
按年度——保管期限(永久、長期、短期)進行分類整理歸檔。
4、編制頁碼：原則上保留歸檔檔案本身的頁碼，如檔案本身沒編頁碼的應編制頁碼，或者檔案有增加的，應補充頁碼，用打碼機或黑色的墨水筆填寫都可以。歸檔檔案整理方法
5、蓋章編號
(1)歸檔檔案應按分類方法逐件在首頁上方的空白處加蓋檔案章，並填寫檔案章有關欄目的內容。
檔案章格式：
(2)檔案章的項目及填寫內容：
件號：檔案的順序號。年度、保管期限(永久、長期、短期)編制1 個流水號，每年斷號。
年度：填寫檔案形成年度，以四位阿拉伯數字標註。如：“2000”
保管期限：歸檔檔案保管期限的名稱。如：“永久” 注:在每年歸檔工作結束後，如發現有其它檔案沒及時歸檔的，可將該檔案排在已歸檔檔案之後編號歸檔。
6、裝盒及填寫盒內備考表
(1)歸檔檔案編號後。按照年度、保管期限、編號順序裝入檔案盒，不同保管期限的檔案不能裝入同一個盒中，並按要求在盒的脊背上蓋上各項內容。盒號暫不要編。
(2)填寫盒內備考表。
盒內情況說明：主要填寫本盒內檔案缺損、修改、補充、移出、銷燬等需要說明的情況，如無上述情況，可不用填寫; 整理人：負責整理歸檔檔案的人員姓名;
檢查人：負責檢查歸檔檔案整理質量的人員姓名; 日期：歸檔檔案整理完畢的日期。
7、填寫歸檔檔案目錄：(見圖a1歸檔檔案目錄式樣)
圖a1 歸檔檔案目錄
(1)件號：編制的流水號;
(2)責任者：檔案的署名者或發文機關;
(3)文號：檔案的發文字號(沒有文號的不用填寫)
(4)題名：即檔案的標題，一般應照實抄錄。原文沒有標題的應加擬標題，原文標題不能說明內容的，應重擬標題。凡加擬的標題都外加“[]”號;(舉例: [關於重點建設項目建檔工作的]補充通知
(5)日期：指檔案形成的日期;例:2005.01.01
(6)頁數：指每一份歸檔檔案本身的有效頁數;(注意：正反面)
(7)備註：用以標註歸檔檔案的變化情況或參見標號;
(8)歸檔檔案目錄一式二份，一份放入目錄夾裝訂，一份放入檔案盒。
8、編寫歸檔說明
歸檔說明的內容包括：
(1)單位的名稱;
(2)單位領導名單及任免時間;
(3)當年的主要工作情況
(4)當年檔案歸檔情況。
9、檔案目錄夾的整理(見歸檔檔案目錄封面式樣)
按年度——保管期限排列的順序將歸檔說明和歸檔目錄用目錄夾(紅色檔案目錄夾)裝訂成檢索目錄冊，逐年增加，將目錄夾裝滿爲止。
科技檔案的整理方法
一般講，基層檔案部門對科技檔案的整理，大體要經過分類、案卷組織與排列、編目幾個環節。
一、分類。科技檔案分類，就是根據科技檔案的內容性質和形成特點，把一定範圍的科技檔案劃分成不同的類別層次，從而形成具有一定從屬關係和平行關係的不同等級的科技檔案庫藏系統。
1、 分類的要求。搞好科技檔案的分類，應注意以下幾點：
(1)科技檔案的分類要遵循同一規則。在一個單位內部或一個專業系統，同一種科技檔案的分類標準應該一致。
(2)科技檔案分類要遵循效用規則。即科技檔案分類要適應科技檔案及其管理特點，追求分類的整體適用效果。也就是說，科技檔案的分類，要符合檔案形成專業和檔案形成單位科技活動的性質和特點。
(3)科技檔案分類要遵循排它規則。即同一級類目必須互相排斥而不能重合。(4)要編制一個合理和切實可行的科技檔案分類方案。分類方案是進行科學分類的依據性檔案，在編制科技檔案分類方案時，要了解和掌握本單位科技檔案的內容構成和形成特點，確定明確的分
類標準和分類方法，設定科學、合理的類目體系，形成完整的科技檔案分類方案。
2、分類的方法。基層檔案部門對科技檔案的分類，實際上是在分類方案的指導下進行的。科技檔案的種類很多，因此可運用的分類標準或進行分類的方法也是較多的，大體上，科技檔案實體分類基本是採用對象分類法和特徵分類法兩種方法。對象分類法就是以一個實物對象的設計、生產製造等活動形成的整套科技檔案爲單元進行分類的方法，其典型的形式是型號分類法、工程項目分類法和課題分類法。特徵分類法就是以科技檔案的內容特徵爲依據進行分類的方法，其典型的形式是專業特徵分類法、時間特徵分類法和地域特徵分類法。
(1) 工程項目分類法。它適用於對基本建設工程檔案的分類，就是在本單位全部基建檔案範圍內，以工程項目爲分類單元，劃分科技檔案的類別。
(2) 型號分類法。它適用於產品檔案和設備檔案的分類，就是以各個型號的產品或設備爲分類單元，劃分科技檔案的類別。
(3) 課題分類法。適用於對科研檔案的分類，以各個獨立的研究課題爲分類單元，劃分科技檔案的類別。
(4) 專業特徵分類法。按照科技檔案所反映的專業性質劃分科研檔案的.類別。
(5) 地域特徵分類法。根據科技檔案內容所反映的地域特徵劃分科技檔案的類別。
(6) 時間特徵分類法。按科技檔案內容所反映的時間特徵劃分科技檔案的類別。
以上幾種基本方法，在實際應用時，可根據具體情況，結合其中幾種靈活運用。基本建設檔案的分類，具體到不同單位和不同基建項目，其檔案主要有性質——工程項目分類法、流域——工程項目分類法。產品檔案的分類，由於產品種類繁多，各種產品代號也不盡相同，因此在型號分類法的基礎上，派生出許多具體分類方法，比較常用的有使用性質——型號分類法、系列——型號分類法、年度——紗號分類法。設備檔案的分類，根據組織形式和設備類型的不同，設備檔案具體的分類主要有性質——型號分類法、工序——型號分類法。科研檔案的分類方法主要有學科——課題分類法、專業——課題分類法。
二、案卷組織與排列
案卷是一組具有有機聯繫、價值相同、密級相同的科技檔案的最小集合體。科技檔案之間的聯繫是多方面的，因此組織案卷的方法也是多種多樣的。一般情況下，組織案卷的方法應當與該類科技檔案的分類方法相一致。常用的案卷組織方法有以下幾種：按結構組織案卷、按子項或子課題組織案卷、按工序或階段組織案卷、按專業組織案卷、按問題組織案卷、按名稱或檔案性質組織案卷。此項工作應由有關的科技業務部門承擔，檔案部門協助、指導。
案卷內科技檔案的排列應注意以下幾點：
1、圖樣材料的排列。有兩種情況：一是對於有圖樣目錄的圖紙，可以按圖樣目錄的順序進行排列;
二是對於沒有圖樣目錄的圖紙，可以按總體與局部的關係排列。
2、文字材料的排列。可以按重要程度排列，可以按時間順序排列。
3、圖文混合材料的排列。一般要求文字材料在前，圖樣材料在後。
三、案卷編目
案卷編目，是在科技檔案歸檔前由科技業務部門隨同組織案卷一併進行的，是科技檔案整理工作的一項內容，基層科技檔案部門應協助和指導科技業務部門做好案卷編目工作。
案卷編目，是以案卷爲對象，透過一定的形式固定案卷系統整理成果，揭示案卷內科技檔案內容與成分的工作。其內容有：編頁號、填制案卷內科技檔案目錄，填寫備考表，填制案卷封面和脊背標籤。
1、 編頁號。爲案卷內每頁檔案編制順序號，以便固定案卷內科技檔案的順序，便於確切統計案卷內科技檔案的數量，有助於保護和查找使用。其方法是：1)凡是有書寫內容的頁面，都要採用阿拉伯數字從“1”開始依次逐頁標註;2)單面書寫的檔案在右下角編號，雙面書寫的檔案，正面在右下角編號，背面在左下角編號;3)卷內目錄、備考表和案卷封面不編寫頁號。某些科技檔案，如成套圖樣、說明書、計算書等，在編制時已有頁號，不必另行編號。只有在案卷內科技檔案沒有統一順序號，或者編號順序不連貫，或者排列次序不連貫，或者排列次序有了變動及出現差誤時，才需要編頁號或重新編頁號。
2、 填制卷內科技檔案目錄。案卷內科技檔案目錄，是卷內每一份文字材料或每一張圖樣的明細表。它對於管理和使用案卷具有重要作用。成套圖樣或科技文字材料，一般在編制時就有圖樣目錄或檔案目錄，編目時應儘量利用原有目錄。如果在科技檔案形成時沒有編制目錄，或原有目錄不適用時，則要編制或重新編制目錄。案卷內科技檔案目錄，其項目有：序號，指該份文字材料或圖樣在案卷內的排列序號;題名，指該份文字材料或圖樣的標題(全稱);編號，指該份文字材料的檔案號或圖樣的圖號;責任者，指該份文字材料或圖樣的直接編制部門或個人的姓名;日期，指該份文字材料圖樣的編制日期;以及備註和頁次。
3、 填寫備考表。備考表是用來記載說明歸檔前和歸檔後案卷內科技檔案基本情況和變化情況的一種工具。它對於案卷的保管和使用，乃至鑑定和統計都有一定的作用。備考表的項目主要包括兩個部分：一部分是對組織案卷時，卷內科技檔案基本情況的有關記載和說明，如圖樣、照片、文字材料等數量的記載，以及歸檔單位或案卷組織者對卷內科技檔案完整、準確情況的說明。這部分內容是由有關的科技人員填寫的。另一部分是科技檔案歸檔後，在科技檔案管理工作過程中，對有關該案卷變化情況的記載和說明。這部分內容由科技檔案部門的有關人員負責填寫。備考表排列在案卷內科技檔案的尾頁之後。
4、 填制案卷封面。案卷封面，是以一定的格式概要介紹卷內科技檔案內容和形式特徵的一種工具。同時，它又對案卷內的科技檔案起着保護作用，封面編制的質量和水平，將直接影響到對科技檔案著錄和檢索工具的編制，關係到科技檔案的管理和開發利用。所以，填制案卷封
面在案卷編目中是一項重要內容。封面的內容項目，主要由3部分組成。
1)案卷題名。又稱案卷標題，是案卷內科技檔案的綜合名稱。它概括地反映了案卷的內容特徵，是直接指引和幫助利用科技檔案的嚮導。案卷題名在結構上一般由3個部分組成：一是項目名稱，即案卷內科技檔案所屬工程、產品、課題或設備等的名稱。二是案卷內科技檔案的內容特徵，如機械產品某組成部分(結構特徵)，工程設計某設計階段(階段特徵)或某專業(專業特徵)的科技檔案，等等。三是科技檔案名稱特徵，如圖樣、說明書、計算書、實驗記錄、成果報告等。擬定案卷題名，要注意概括性，做到文字簡練，表達準確，不可繁雜冗長，防止卷內科技檔案名稱和簡單羅列;同時要注意完整性，能夠恰當地揭示案卷的內容和成分，避免不適當的簡化。
2)案卷的管理性內容項目。這一部分包括：編制單位(責任者)，指案卷內科技檔案是由何人、何部門編制的;編制日期，指案卷內科技檔案形成日期或起止日期;保管期限，填寫經鑑別劃定的保管期限;密級，根據保密規定填寫。
3)檔號項。包括檔號，即本案卷的科技檔案號，由分類號和案卷排列順序號組成;檔案館(室)號，填寫國家給定的本檔案館(室)的編號;縮微號，填寫縮微時給定的本案卷的編號。需要說明的是，在編制檔號時，首先要編制同科技檔案分類有關的代字、代號表，然後進行具體編制。
如某單位基建檔案號：j·2·3
案卷順序號
建築項目代號
基建檔案代號
分類號
5、編制案卷脊背標籤。脊背標籤，是管理和使用案卷的必備工具，其項目有案卷題名和檔案號。