當前，隨着各級政府對農村基礎設施建設投入逐年增長，資金來源、項目結構複雜，那麼何深入開展農村基礎設施建設項目審計，促進項目管理、使用發揮最大經濟效益和社會效益，應該抓住下面這些審計重點：
一、強化項目立項論證審計
根據農村基礎設施建設項目資金來源和項目管理部門衆多、點多面廣的特點，項目立項論證審計應關注三個方面的內容。一是審查立項的科學性、可行性、前瞻性。主要審查項目庫對區域項目整體設計、篩選是否合理，項目篩選是否堅持先急後緩、棄劣擇優的原則。重點審查立項項目是否進行了可行性研究，建設條件是否具備，技術論證是否切實可行，是否符合當地自然條件、經濟結構、社會發展實際和可持續發展的要求。是否存在虛假申報、多報、重複申報立項、政績工程等問題。二是審查項目概預算的經濟性、合法性。重點審查項目概、預算是否按照科學、可行和節約的原則編制，項目的概算調整是否符合國家規定，是否存在改變投資計劃、擴大或縮小建設規模、變更建設內容等問題。三是審查項目資金來源的完整性、真實性。結合財政同級審計，掌握項目資金的規模和組織、分配渠道，以資金分配、管理爲主要脈絡，深入關聯部門展開調查，摸清項目資金的性質、主管部門、規模、構成及具體用途。二是審查項目概預算的經濟性、合法性。重點審查項目概、預算是否按照科學、可行和節約的原則編制，項目的'概算調整是否符合國家規定，是否存在改變投資計劃、擴大或縮小建設規模、變更建設內容等問題。
二、加強項目資金執行審計
以財務收支真實性、合法性爲基礎，建設項目爲載體，建設資金執行爲線索，充分掌握項目主管部門資金管理、分配方式及撥付渠道。根據資金性質、指標、規模、用途、撥付路徑確定審計重點、審計方法。一是審計資金的使用的真實性、合法性。從賬證及票據等原始憑證入手，審查各級項目主管部門是否對資金的使用、撥付環節建立健全的管理制度，項目計劃、經辦、審批、付款等不相容職務是否分離，項目資金流量、流向與項目計劃、標準是否相符。重點審查資金的分配是否按項目、按進度撥付，資金投放是否符合政策，專款專用。是否存在截留、挪用、套取項目資金等違規問題。二是注重審查建設單位“在建工程”帳戶成本覈算是否準確，是否嚴格正確歸集、分配成本，是否將不屬於工程建設項目的支出列入工程成本，工程完工是否按合同規定的方式辦理結算手續，帳務處理是否及時、正確，工程建設投資中的其它費用覈算是否嚴格、合規，有無虛列支出套取資金問題。三是審計中將項目資金投向、撥付環節的合規、合法性審計與資金投向效率、資金使用效果審計有機結合，審查財政資金、配套資金到位率，項目資金節約或超支率，管理費用支出佔總支出的比例等。分析項目資金用於實體建設的比率，剖析項目資金支出結構，揭示建設過程中支出不合理、損失浪費等問題。
三、關注項目管理機制審計
對項目實施過程中各項管理制度執行、落實情況進行跟蹤審計，全方位審查項目實施各階段管理系統中內部控制制度和責任機制是否健全、科學高效，是否存在薄弱環節，從管理角度分析項目建設效益狀況，促進相關項目單位加強管理，健全機制，提高建設項目總體效益。一是審查各項目主管部門和項目實施單位是否按要求成立相關的組織、管理機構，工作制度是否健全，內部機構設定是否科學、完善，資金管理部門和項目管理部門分工是否合理，管理人員崗位職責、職權界定是否科學明確、資訊傳遞是否及時。二是審查實體建設施工項目管理制度健全性和有效性，重點審查項目法人負責制、招投標、竣工驗收、公告公示制等制度執行情況，審查各項制度正常運作的保障措施是否健全有效。
四、嚴格項目工程造價審計
對建設項目工程造價審計這一重要環節，制定嚴格的審計操作流程，深入施工現場，對項目施工全程跟蹤審計，及時糾正建設過程中規紀違規規行爲，爲最後的竣工決算打好基礎。一是審查合同工程量與實際投資規模是否相符。對照相關工程資料逐項對工程量進行覈對、丈量，做好現場勘測和攝影取證等記錄，審查是否存在擅自提高或降低建設標準，擴大或縮小建設規模、變更建設內容等問題。二是審查施工材料、設備採購以及材料差價調整有無相應的管理辦法、是否得到嚴格執行，是否按概算批准的內容進行採購，是否按規定進行政府採購。三是嚴格審查定額套用和取費標準，審計中嚴格按遵守定額子目的設定、劃分原則，對施工中存在的爭議問題，組織造價諮詢公司、建設單位管理人員、監理單位召開業務會，按工程量、施工步驟、材料規格、數量、市場價格、人工費組合計算，合理確定套用定額子目，對同一性質項目工程，做到材料價格、計價方法兩統一;審查施工企業的資質及取費等級，審查是否存在掛靠其他建築企業、無資質等級、無取費證書等問題，重點審計取費率是否正確，取費標準與資質等級是否相符，取費基數、計稅基礎及稅率的取定和計算是否正確。
五、注重項目執行績效審計
對已完工交付使用的建設項目取得的效果、效率情況進行審計，從總體上評價農村基礎設施建設項目的使用效果、效益。審計中實行定量與定性、財務指標與非財務指標分析相結合，貨幣性指標、非貨幣性指標分析相結合，對完工項目的社會效益、生態效益、投資效益和使用效益進行審計，剖析完工項目當前經濟效益和長遠經濟效益指標完成情況。重點審查建設項目是否符合國家產業政策，是否有利於保持和恢復生態平衡，是否對自然資源進行了合理、有效利用，是否起到了調整農業經濟結構的作用，滿足了國民經濟可持續發展的要求。