一、不發達地區實行國庫集中支付制度的意義
就全國而言，實行國庫集中支付制度利大於弊，意義很大，但作爲不發達地區以下兩點更能凸現其好處:一是實行國庫集中支付有利於庫款統一調度，提高財政資金使用效益。不發達地區財政收入少，可利用資金量小，過去由於多頭撥款和資金多戶頭存放，使大量資金沉澱在基層帳戶上，不能有效利用時間差增加效益。實行國庫集中支付後，預算單位由分散帳戶存放變爲單一帳戶存放，由層層下撥變爲國庫集中支付，單位帳戶餘額始終爲零，把暫時不用的資金集中在國庫，有利於財政資金的統一調度和管理，增強財政宏觀調控能力，用於幹大事、乾急事，可管好用活閒置資金，提高財政資金使用效益。二是實行國庫集中支付有利於強化專項資金的使用監管，防止單位擠佔、挪用、截留，使專項資金切實用在建設項目上。對於不發達地區預算單位來說，部門預算的編制、執行，基本無須用國庫集中支付強化監管，財政預算全面實行基數包乾，嚴格按照“以收定支，量入爲出，量力而行，盡力而爲”的原則和“一要吃飯，二要建設”的要求預算，公用經費預算不足，所以強化專項資金的監督管理應是國庫集中支付的重點所在。實行國庫集中支付後，可以有效地改變過去帳戶上“只要有錢就可用，錢上又沒寫‘專項’，只要‘專項’不開支，誰也拿我沒辦法”的被動局面，財政、審計部門可根據國庫專項資金類、款、項開支線索，毫不費力地監督專項資金使用中是否存在擠佔、挪用情況，使國家專項資金真正用到刀刃上，用在建設上。另外，對一些建設項目清楚、使用目的明確、可直接落實到項目實施者手中的專項，可進行直接支付。由於實際資金不經過一級級單位帳戶，單位想擠佔、挪用、截留專項資金已不可能。有效的保證了項目建設資金到位，項目建設的開展。
二、不發達地區實行國庫集中支付試點中應關注的問題
我國地域遼闊，不同地區水平相差懸殊，財政收支狀況也不盡相同，對於西部不發達地區，特別是不發達的市、縣，在實行國庫集中支付試點時應關注以下問題。
1、國庫集中支付如何監督部門預算實施的問題。就部門預算而言，中央和地方不同，發達地區與不發達地區也不同。中央部門和發達地區編制預算時根本不考慮工資發放，主要考慮的是基本建設項目、專項資金和公用經費預算的多少，因此在實施部門預算時，確有必要強化對預算和執行進行監督。由於實施有效的國庫集中支付，一些虛列、不實、無法實現的項目被而然的發現；擠佔、挪用等現象被制止。而不發達地區的預算基本上是吃飯財政，相當一部分單位連工資都無法按時發放，預算時只考慮非常少的一點公用經費，甚至連維持起碼的單位正常運轉都談不上，因此如何用國庫集中支付來達到監督部門預算及執行情況，對於發達地區和不發達地區監管的重點和應有所不同。
2、實行國庫集中支付應具備的硬件的問題。國庫集中支付優點之一就是要達到快速、準確，因此一般要求應以文檔傳遞、上報、錄入、審批。這就必須具備一定的硬件基礎，最起碼應該有機、打印機。因此在試點和實行時應該首先考慮單位的經濟情況、人員多少、辦公設施狀況等，看能否達到以電子文檔傳遞、上報、錄入的要求，是否需要代報、代錄。在試點中因硬件達不到要求，由財政部門代報、代錄的情況確實存在，不僅增加了財政部門的工作量，而且達不到試點的效果。
3、國庫集中支付軟件設計問題。爲滿足中央和地方國庫集中支付改革的需要，財政部和地方財政部門都委託一些軟件公司相繼開發了一些國庫集中支付軟件。軟件的設計雖然暫時滿足了試點的大部分要求，但在介面的設計上、操作的難易度、實用性、人性化、代替手工、聯網功能、超前化的程度等方面仍然存在許多不盡人意的地方。所以在試點前，對軟件設計單位選擇上至少要求有較爲豐富的財務軟件設計經驗，在試點中組織財政和預算單位中的有軟件操作經驗的人再參加軟件改進，並不斷完善，才能促進國庫集中支付工作。