近年來，隨着各種思潮紛紛涌入校園，大學生的人生觀、價值觀受到強烈的衝擊，思想日趨多元化、複雜化，思想問題的諸多和高校擴招帶來的就業壓力，使得大學生的思想教育和穩定工作遇到了挑戰，而高校輔導員隊伍建設卻發展緩慢，難以適應新的教育形勢，加之目前高校普遍存在着這樣一種現象:輔導員是非職業化的，是從業人員人生職業歷程中的過技性職業，因此嚴重影響了高校輔導員隊伍的建設以及大學生思想政治教育的效果。
1、隊伍不穩定。現行制度使輔導員幾乎成爲高校教育 管理中一個階段性崗位，對輔導員的安排存在短期思想。在此制度之下，相當數量的輔導員在服務期滿後，面臨着要麼從學生工作轉崗到黨政工作，要麼轉向專業學術領域的選擇，而前者的崗位容量有限，後者在專業基礎和學術儲備方面要求較高。加之學校制度方面對輔導員的職業發展缺乏較好的解決方案，從事輔導員工作得不到認同，社會地位與待遇無法與專業教師相比，因此，輔導員無法從同行和工作中找到可能自我實現的價值，這些導致了爲數不少的輔導員只是把現有工作看作跳板或臨時性職業，他們無力拓展職業空間，缺乏職業歸屬感，難以堅定從業方向並明確努力目標。
目前，在對昆明理工大學專職輔導員的調查中發現，輔導員工作中遇到四個最主要的困擾問題是:個人前途與出路，學歷職稱的提升，事務性工作與專業理論提升相矛盾，工作付出得不到理解和認同。可見，諸多輔導員都沒有把此工作當作是終身的職業，找不到認同感。這種非職業化的現狀，往往導致輔導員職業發展空間狹小，人員非正常性流動過快，崗位任期短，隊伍嚴重不穩定。
2、職責不明確。目前各高校普遍感到在一線從事學生 教育管理工作的專職輔導員配備不足，輔導員的配備比例很難達到1: 200，如昆明理工大學現有在冊本科學生2回49人，而從事輔導員工作人數爲101人，遠遠達不到規定比例。因此在具體工作中往往有意或無意地把輔導員當作多面子來使用，僅思想政治教育就包括了思想教育、政治教育、道德教育、心理教育、職業發展教育、就業諮詢、素質能力拓展引導等;日常管理工作又包括了從學生入學到離校整個在學階段事務的管理，如學籍註冊、檔案管理、黨團建設、違紀處理、學風建設、幫困助學、學費催繳、安全管理、學生社會實踐活動指導等等。職責寬泛，工作繁雜，多重領導，多頭管理，往往使工作陷入低水平重複，輔導員往往成了學校管理系統中的萬金泊。長此以往，既不利於輔導員個人發展，又必然造成工作針對性不強、效率不高，輔導員工作確實難以清晰定位。
3、專業性不突出。輔導員作爲思想政治工作的主力軍，不但要政治過硬，而且要具有淵博的學識和深厚的專業理論革養。然而，現在輔導員多數來自各種不同專業的本科或碩士仿秀畢業生。以昆明理工大學爲例，學校從事輔導員工作共人，其中昆明理工大學本科畢業留校的61人，佔60.3% 。理工科專業出身的.75人，佔74%;而思想教育類7人，僅佔7%。在從事輔導員工作前，他們大多是學生幹部，雖然有一定學生工作經驗，但是對思想政治教育或相關專業的知識瞭解不深，多數輻導員只經過幾天的培訓，甚至沒有經過專門的訓練就上崗。儘管他們品行都很優秀，但由於缺乏輔導員專業知識，沒有輔導員的實踐經驗，很多社會問題和以前沒處理過的工作問題時，往往憑藉自身感性經驗作出處理，加上隊伍整體年齡結掏偏輕，自身缺乏人生閱歷和工作經驗，導致部分開展工作時，只能簡單地以制度和紀律來管理學生，說服力不強、實效性差、教育效果不佳。這難以適應新形勢下思想政治工作的需要，嚴重影響了學生的培養質量。導致輔導員隊伍結構不盡合理，專業化程度偏低。
4、機制不完善。輔導員工作要形成一套完整有效的機 制，考覈是不可或缺的一部分。針對輔導員的績效考覈，其職責的不明確性使考覈缺乏必耍的依據和標準，輔導員日常工作的不可量化性增加了考覈的難度。所以儘管設立了輔導員考覈機制，但由於暫時缺乏科學認識和系統規劃，僅從籠統的德、能、勤、績四個方面考覈，導致考覈機制不完善，無法進行全面、及時、量化的有效考覈，增加了輔導員工作評價的主觀性和隨機性，無法基於輔導員工作的實際績效形成激勵體系，難於調動輔導員工作的積極性。在激勵機制方面，各高校根據有關檔案的規定，對從事若干年工作的優秀輔導員套上一定的行政級別。這雖然在一定的歷史時期內解決輔導員的激勵問題，但是，這種辦法一方面使得高校的組織結構層次增加，管理難度加大，大家往管理獨木橋上擠，使本來就已經非常稀缺的行政職位資源變得更加緊張。