在近幾年對國撥資金基建工程項目竣工決算審計實踐中，我們針對科研院所基建工程項目管理中發現的一些問題，歸納爲五個方面，並對存在的問題作了進一步的分析，提出了相應管理建議和改進措施，與大家一起探討。
一、工程項目管理與財務管理相脫節
目前，科研院所基建工程項目有幾個特點：複雜程度高、保密性強、建設週期較長。工程項目從立項、可行性研究、初步設計、施工圖設計、施工建設以及竣工驗收，整個過程所形成的檔案及資料大都由工程管理人員控制，而工程管理人員大部分是由科研人員組成，缺乏對工程財務管理知識的瞭解和認識，工程管理部門與財務管理部門缺乏必要的溝通，使得工程會計覈算人員很難取得與工程有關的資料和資訊，會計科目設定難以嚴格按照《國有基本建設單位會計制度》的規定進行；在編制財務決算報表時，經常出現大量調帳現象，使財務覈算工作很被動，增加了不必要的工作量，也難以保證會計資訊的真實性，影響了工程經費覈算的準確性和有效性，對工程費用的管理和控制產生不利的影響。
如何管理好基建工程項目，提高建設資金使用效率呢？關鍵是工程資金的管理和財務管理。工程管理各部門要充分認識資金和財務在項目實施和管理過程中的重要作用，下大力氣認真做好建設項目的財務管理和會計覈算工作。不僅要充分注重財務管理事前預測、事中控制和事後決策和評價的作用，更應爲財務人員提供詳細全面的工程設計及概算等資料，主動讓財務人員參加工程的過程管理。
在工程覈算中，應注意把握以下幾點：
1.會計科目設定是關鍵。既要符合國家有關財務制度規定和批覆的概算，又要結合單位自身特點，這樣才能爲項目竣工財務決算打下良好的基礎。
2.覈算要細化，做到能準確劃分清楚:(1)投資到各個項目單位、單項工程、子項目上的建築安裝工程投資具體是多少;(2)投資到各個項目單位、各種型號規格的設備儀器上的設備投資具體是多少;(3)攤銷到各個項目單位、單項工程、子項目、設備儀器上的待攤投資具體是多少;(4)交付使用的各項資產的價值具體是多少。
只有達到這一覈算要求，才能爲工程項目竣工決算創造必要的.前提條件。
二、設計深度不夠，引起工程項目超概
概算是指初步設計階段由設計單位編制的、經過有關部門批准的確定建設項目從籌建時起至竣工結束時止所發生的全部建設費用檔案，是建設項目預決算體系的重要組成部分之一。設計概算是控制投資規模和工程造價的主要依據，也是撥款的依據，工程項目概算審查不僅能使概算投資總額更加完整、合理和接近實際，還可以對不經濟、不合理的因素進行調整。
從審計情況看，大部分工程都不同程度地存在工程項目超概問題。對於建設項目超概算的通病究其原因，除了一般性的建築材料及人工工時費漲價因素外，我們認爲更重要的原因是設計環節經濟控制深度不夠。設計階段是控制工程造價的龍頭，資料表明，設計是有效控制工程造價的關鍵，設計階段節約投資的可能性爲80%，而施工開始後節約投資僅爲20%。科研院所工程項目的概算都是請有設計資質的設計單位來設計的，由於設計人員對工程考察不周詳，深度不夠，使得一些實際工程量沒有列入初步設計概算，存在設計漏項和設計錯誤。造成設計變更頻繁，概算難以控制。
建議在設計概算審批前，科研院所聘請有關專家和工程造價評估人員組成前期評審組，參與工程初步設計和概算估價的審查工作，對設計方案進行充分地分析與預測，以便取得主動權和發言權，做到事前控制，保證資金的合理需要，又不留投資缺口，使工程建設能正常進行。