一、在行政事業單位會計覈算中遇到的常見問題
（一）不規範的會計覈算科目
當前，在我國行政事業單位中普遍存在着會計覈算科目設定不規範的情況，具體表現在以下三個方面：首先，會計科目設定混亂，如在內容相同或相似的經濟業務覈算中，有的科目名稱相同，科目編號不同，有的科目編號與科目名稱都不同；其次，會計科目設定過雜，不利於經濟業務覈算的規範性和可比性；最後，會計科目設定不齊全，如有的單位只設總賬科目未設二級科目，有的單位暫存款未設明細科目等情況經常出現。
（二）原始憑證真實性的缺失
原始憑證的真實性問題概括來說，包括三個方面的情況：一是原始憑證的填寫不真實，原始憑證項目內容與發票實際內容不符，金額填寫不真實。如，有些單位購買辦公用品，本來應爲辦公用品的發票，而實際開的是餐飲的發票。二是原始憑證項目內容填寫不完整。在行政事業單位原始憑證中經常出現漏填、少填、不填現象，很多沒有簽字的發票也入了賬，大大增加了會計覈算的難度。其三，編制虛假原始憑證的問題經常出現。如把勞務費等款項編造到購買辦公傢俱中來，套取現金，收據入賬等情況時有發生。
（三）內部控制制度不健全
我國行政事業單位內部缺乏完善的財務內部控制制度，具體表現在：一是單位工作人員對內部控制沒有形成正確的認識。新的會計覈算規範已經實施，但是部分行政事業單位領導對內部控制制度的建立重視程度不夠，給會計覈算工作的帶來了非常大的難度。二是缺乏相互制約的財務監督機制，如，很多單位會計和出納同屬一個人，內部會計管理失控，給違法違紀的行爲提供了可乘之機。三是沒有建立完善的財務制度和管理制度，使得會計覈算工作缺乏規範性，影響了會計覈算工作的質量。
（四）預算管理與會計覈算的脫節
預算管理是會計覈算的基礎，目前，由於行政事業單位對財政資金使用管理不嚴，不斷增加了預算外的資金，難以達到預算管理工作的目標，使得預算在實際執行過程中不能落實到位，不利於財政資金的合理使用和統一管理，導致會計覈算與預算管理的.脫節，大大降低了財政資金的使用效率，容易誘發違規違紀的財務事件的發生。
二、對解決行政事業單位會計覈算問題的幾點思考
（一）規範設定會計覈算的科目
首先，加強對財務會計人員的專業知識培訓，使他們能夠準確運用各類會計科目，規範會計覈算過程。其次，行政事業單位要把會計科目的名稱和編號統一起來，取消多餘和雜亂的科目，使用統一編制的事業單位會計科目，針對行政事業單位會計業務的複雜性，可適當增設新的會計科目，以此來滿足日常會計覈算工作的需要。
（二）加強對財務人員業務培訓的力度
行政事業單位的會計覈算的工作需要由專業的財務人員來做，爲提高財政資金使用效率，必須加強對財會人員的培訓，提升他們的思想認識和業務水平，使他們充分認識到自身會計覈算工作的重要性，認真貫徹執行《會計基礎工作規範》的相關規定，恪守職業道德，確保單位會計覈算的質量。
（三）健全內部控制制度
爲加強會計覈算的監督和管理，行政事業單位要根據單位實際情況，建立基於內部控制制度爲基礎的會計覈算體系。在實施內部財務控制過程中，要積極構建良好的內部控制氛圍，加強風險防範意識的培養，明確責任，對資金的管理和審批，有具體明確的規定。同時，在會計覈算問題多發的關鍵環節，都要有具體的應對措施和制度。透過嚴格會計覈算制度，合理的控制日常開支，提高財政資金的使用效率，確保行政事業單位會計資訊的完整性。
（四）完善財務管理制度建設，加大監督力度
一方面，在完善會計覈算相關管理制度建設中，要強調有較強的可操作性、實用性、科學性和嚴謹性，使會計覈算工作有章可循。同時，認真學習新的會計制度，積極主動地適應行政事業單位新的會計準則。再者，事業單位應加大會計法規的實施力度，強化單位負責人爲第一責任人的意識，對會計覈算中的違法違規行爲要及時處理、依法嚴辦，並追究責任人的責任。另一方面，財務審計部門對我國行政事業單位財務進行檢查和審計時，要嚴格會計工作標準，加大監督力度，不僅要檢查單位在財會的人員配置和崗位分工上是否符合相關規定外，還要對不依法設定會計賬簿、私設會計賬簿和設有賬外賬的單位人員，依法進行處罰。