南京工業大學體育部屬於學校二級教學行政單位，直屬主管校長領導。在主管校長直接領導下，體育部負責全面實施全校體育工作。教職工61人，其中專任體育教師54人，具有正高職稱3人，副高職稱17人，講師職稱32人，助教職稱2人，40歲以下的教師34名。具有碩士學位18名，在職攻讀碩士學位11名。下設辦公室、體育教學研究室、大學生體質測試中心、大學生羣體競賽中心、校運動隊管理辦公室。黨總支下設三個黨支部。堅持以科學發展觀爲指導，認真貫徹黨的十七大和十七屆三中、四中和五中全會精神，以“正確的導向引導人，以公平的機制激勵人，以嚴格的行爲規範約束人，以明確的目標鼓勵人”的工作思路，着力加強黨建和思想政治工作，努力營造和諧組織氛圍，黨政班子成員團結協作，帶領全體教職工齊心協力地圍繞學校中心任務開展工作。
在體育教學方面，採取一、二年級開設體育選項課，內容涉及20多個項目，以滿足學生不同層次體育需求，以培養學生體育興趣、愛好，樹立終身體育觀念，養成自覺進行體育鍛煉習慣。體育教學課程學生網上評教，教師中獲得4.5分以上的教師佔了97.8%，在全校二級學院中排名第一，從各學院平均分排名上看，體育教師的平均得分爲4.58分，排在全校各學院的第三名。
體育教學成果顯著，先後16項獲省級成果，3項獲市級成果，35項獲校級成果獎，其中核心、省級期刊上發表論文180多篇。體育教師承擔科研項目：省級一項、校級30多項。2004年校體育部獲優秀教學成果二等獎二項，三等獎一項，校第二屆多媒體教學課件競賽二、三等獎各一個，獲江蘇省高校第二屆“方正奧斯杯”多媒體教學課件競賽好課件獎和江蘇省高等教育教學成果二等獎，《大學體育》課程被評爲校級優秀課程羣。2005年度兩部教材獲校優秀教材三等獎。2006年一人獲第二屆青年教師授課競賽一等獎，多人獲第三屆多媒體教學課件競賽獲獎三等獎，2007年一人獲校優秀教學質量獎，2008年一人獲“第四屆多媒體教學課件競賽”二等獎，二人獲“第三屆青年教師授課競賽決賽”二等獎和三等獎;2010年2 人獲“2006-2009年全省優秀裁判員”稱號，2 人獲“第四屆青年教師授課競賽”二等獎。先後2人獲“校師德十佳”稱號，6人獲“校教書育人先進個人”稱號，1人獲“校優質服務視窗”先進個人稱號，6人獲“工大集團獎教金”等。連續多次被評爲“體育工作、教書育人、資訊工作、校工會工作和檔案工作”先進集體。黨總支被校黨委評爲“校先進基層黨總支”和 “思想政治教育工作先進集體”光榮稱號。2010年分別被江蘇省體育局和教育廳授予“江蘇省羣衆體育先進集體”和“2008-2009年度江蘇省體育工作先進集體”稱號。
在羣體競賽方面積極扶持，引導學生體育協會，俱樂部健康發展，開展形式多樣，豐富多彩的校內競賽活動，爲學生樹立“終身體育”理念創造良好的基礎和氛圍。以“教體結合”、“省隊校辦”的省壘球運動隊建設爲重點，帶動學校足球、籃球，田徑等高水平運動隊共同發展和提高。根據教育部試辦高水平運動隊的檔案精神，我校以“教體結合”高水平運動隊訓練爲特色，從三個層次建設：第一層次組建具有全國乃至世界水平的運動隊;第二層次定位爲羣衆基礎廣泛，深受學生歡迎，影響力較大的一些運動項目;第三層次以俱樂部模式爲主，由學生自己組織，體育教師參與輔導的一些運動項目代表隊。目前布點大學生高水平運動隊爲壘球隊、棒球隊、田徑隊、籃球隊。2007年獲全國城市運動會壘球賽冠軍，2008年獲全國青年壘球錦標賽冠軍和全國壘球錦標賽季軍，2009年獲第十一屆全運會壘球賽第三名， 2010年校大學生棒壘球隊獲“全國慢投壘球錦標賽(高校組)冠軍”。由普通大學生組成的校女壘隊連續四屆榮獲中國大學生壘球賽冠軍。中國壘球協會授予我校“優秀組織獎”、並授牌我校“教體結合結碩果，壘球文化顯威力”，江蘇省委和省政府授予我校“十運會優秀賽區”、江蘇省體育局授予校體育部“十運會後勤保障先進集體”、“十一運會後勤保障先進集體”的光榮稱號。
校級大學生運動隊在各教練員精心指導和組織下，堅持常年訓練不放鬆，積極參加了國內省內的體育競技比賽，獲得了一系列優異成績。特別是在2010年在江蘇省第十七屆運動會高校部比賽中，學校共組建了15支隊伍的300多名運動員參加了省運會，在各運動隊教練員和運動員共同努力下，獲14枚金牌、8枚銀牌和 22枚銅牌，並以548.5分榮獲高校組團體總分第十一名，大學生體育競技成績創造了工大歷史，學校獲“體育道德風尚代表團獎”和“最佳賽區”榮譽稱號，2010年學校積極響應教育部號召，組織全校一二年級學生參與了教育部在全國試點的100所高校大學生冬季長跑活動競賽，最終參與人數全國第一，參與率全國第三名，獲最佳組織獎。