個人住房公積金貸款與商業個人住房貸款的不同點主要表現在以下5個方面：
(1)貸款主體不同。住房公積金個人貸款主體是住房公積金管理中心，商業個人住房貸款主體是各商業銀行。
(2)貸款對象不同。商業個人住房貸款對象是經資信考查合格、具有還款能力的自然人，公積金個人貸款對象除具備商業個人貸款所要求的條件外，還必須是正常繳存公積金12個月以上的職工。
(3)貸款資金來源不同。商業個人住房貸款資金的來源是各商業銀行的自營資金(居民或單位存款)，而住房公積金個人貸款資金的來源是職工個人所在單位繳存的住房公積金。
(4)貸款利率不同。貸款利率分兩檔，具體爲：住房公積金個人貸款期限5年以內(含5年)，月利率爲3‰;5年以上的，月利率爲3.375‰，而商業銀行個人貸款期限5年以內(含5年)，月利率爲3.975‰;5年以上的，月利率爲4.2‰。
例：某借款人貸款10萬元，貸款期限爲10年，公積金貸款月還款額爲1014.83元，總計還息21780元。商業銀行貸款月還款額爲1062.6元，總計還息27513.4元。
(5)貸款風險承擔主體不同。商業銀行個人貸款風險由發放貸款的商業銀行承擔，公積金個人貸款風險由確定發放貸款的住房公積金管理機構承擔。