在職員工參加的基本醫保由統籌基金和職工基本醫療保險個人帳戶構成，簡單說，個人帳戶就是用於基本的門診就診等醫療，統籌基金則是用於支付職工住院醫療費和特殊病種的門診醫療費。
個人帳戶和使用方法
用人單位及其職工辦理基本醫療保險登記手續並按規定繳納基本醫療保險費後，醫療保險經辦機構爲職工建立個人帳戶，並制發憑證。個人帳戶由職工個人繳費和單位繳費劃入部分構成。
(一)職工個人繳納的基本醫療保險費全額計入本人個人帳戶;
(二)用人單位繳納的基本醫療保險費按以下比例劃入個人帳戶;
35歲以下的職工，按上年度本統籌區人均繳費基數的1.3%;
35歲至44歲的，按上年度本統籌區人均繳費基數的1.5%;
45歲以上的，按上年度本統籌區人均繳費基數的1.7%;
退休人員按上年度本統籌區人均繳費基數的4%。
個人帳戶用於職工本人的基本醫療，支付在定點醫療機構和定點零售藥店發生的醫療、藥品費。不得提取現金，不得用於除職工個人基本醫療以外的其他用途。個人帳戶資金歸個人所有，可跨年度結轉使用，可隨職工工作調動轉移，可依法繼承。個人帳戶資金分爲當年計入資金和歷年結餘資金。個人帳戶年末資金，按照有關規定計息，並計入個人帳戶。職工可以查詢本人個人帳戶中資金的計入和支出情況，醫療保險經辦機構應當爲職工查詢提供便利。
統籌基金的支付範圍和起付標準
用人單位繳納的基本醫療保險費，除按第十一條第二款規定的比例計入個人帳戶外，其餘部分建立統籌基金，由重慶市醫療保險管理中心統一管理，統籌基金按規定用於支付職工住院醫療費和特殊病種的門診醫療費。
統籌基金的起付標準是：
在一級醫院住院治療爲上年度統籌區人均繳費基數的5%;
在二級醫院住院治療爲上年度統籌區人均繳費基數的8%;
在三級醫院住院治療爲上年度統籌區人均繳費基數的.11%;
1年內多次住院治療，起付標準在上述標準基礎上逐次降1個百分點。
統籌基金的支付限額和支付比例
(一)統籌基金對職工個人每年的支付限額爲統籌區上年度人均繳費基數的4倍。
(二)職工住院醫療費在起付標準以上、支付限額以下的，由統籌基金按下列比例支付：
醫療費在起付標準以上至5000元以內(含5000元)的部分，45歲以下的在職職工按70%支付，45歲以上(含45歲)的在職職工按75%支付，退休人員按85%支付;其餘部分自付。
醫療費在5000元以上至10000元以內(含10000元)的部分，45歲以下的在職職工按75%支付，45歲以上(含45歲)的在職職工按80%支付，退休人員按90%支付;其餘部分自付。
醫療費在10000元以上至支付限額以下的部分，45歲以下的在職職工按80%支付，45歲以上(含45歲)的在職職工按85%支付，退休人員按95%支付;其餘部分自付。