稅務人員在對某公司檢查中，發現其所有員工的公積金繳存金額一樣，但工資卻是由3000至10000元不等，員工們所提公積金數額基本超過了其本人上年度月平均工資額的12%，對於這超出的部分沒有繳交個人所得稅。財務人員解釋是按照廣州市公佈的上年度職工月平均工資3倍額度的12%計算，所以全部員工的公積金繳存金額都一樣。究竟這種做法是否正確呢？
根據《財政部國家稅務總局關於基本養老保險費 基本醫療保險（放心保）費 失業保險費 住房公積金有關個人所得稅政策的通知》(財稅〔2006〕10號)第二條規定：
根據《住房公積金管理條例》、《建設部 財政部 中國人民銀行關於住房公積金管理若干具體問題的指導意見》（建金管〔2005〕5號）等規定精神，單位和個人分別在不超過職工本人上一年度月平均工資12%的幅度內，其實際繳存的住房公積金，允許在個人應納稅所得額中扣除，免繳個人所得稅。單位和職工個人繳存住房公積金的月平均工資不得超過職工工作地所在設區城市上一年度職工月平均工資的3倍，具體標準按照各地有關規定執行。單位和個人超過上述規定比例和標準繳付的住房公積金，應將超過部分併入個人當期的工資、薪金收入，計徵個人所得稅。
此外，廣州市地稅局在《關於住房公積金個人所得稅扣除標準的通知》（穗地稅發〔2007〕148號）中重申了財政部 國家稅務總局的財稅〔2006〕10號規定，明確：
一、以後繳存年度的扣除限額標準，根據市統計部門公佈的我市上一年度職工月平均工資的3倍計算調整。
二、單位和個人超過財稅〔2006〕10號文規定比例和標準繳存的住房公積金，應將超過部分併入個人當期的工資、薪金收入，計徵個人所得稅。
稅務人員進一步解釋：按照上述規定，職工上年度月平均工資未超過廣州市統計部門公佈的上年度廣州市職工月平均工資額的3倍，公積金可按照職工上年度月平均工資額的12%內提取，允許在個人應納稅所得額中扣除，免繳個人所得稅；而超出平均工資額12%的部分應併入該職工當期的工資、薪金收入，計徵個人所得稅。
最終，該公司按規定補繳了相關稅款及罰款。
住房公積金的個人所得稅計算調整方法
一、政策規定：
根據財政部、國家稅務總局《關於基本養老保險費 基本醫療保險（放心保）費 失業保險費 住房公積金有關個人所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號）的規定，單位和個人分別在不超過職工本人上一年度月平均工資12%的幅度內，其實際繳存的住房公積金，允許在個人應納稅所得額中扣除。單位和職工個人繳存住房公積金的月平均工資不得超過職工工作地所在設區城市上一年度職工月平均工資的3倍，具體標準按照各地有關規定執行。單位和個人超過上述規定比例和標準繳付的住房公積金，應將超過部分併入個人當期的工資、薪金收入，計徵個人所得稅。
根據廣州市地方稅務局《關於住房公積金個人所得稅扣除標準的通知》（穗地稅發[2007]148號）的規定，我市2007住房公積金年度（即2007年7月1日至2008年6月30日）允許單位和職工個人在個人應納稅所得額中扣除的繳存住房公積金的工資基數最高上限爲9,081元/月。以後繳存年度的扣除限額標準，根據市統計部門公佈的我市上一年度職工月平均工資的3倍計算調整。
二、計算說明
“……月平均工資12%的幅度”和“……月平均工資的3倍”是兩個同時成立的條件，因此在計算調整應稅所得額時的'關鍵指標數據是：應發工資、繳存住房公積金基數以及單位和個人的繳存比例。
本文所述的應發工資是指未包含單位繳存住房公積金部分和未扣除個人繳存住房公積金的應發工資總額。一般情況下就是工資表（單）中“應發工資”欄中的數額。
當繳存住房公積金基數或繳存比例超過政策規定標準時，應計算調整應稅所得額。
舉例說明：
例：廣州市某單位的國內員工張三2007年住房公積金年度繳存公積金基數爲10,000元，單位和個人繳存比例均爲20％，2007年7月份張三的應發工資爲9,000元，問7月份張三應稅所得額是多少？
分析：張三月繳存住房公積金基數爲10,000元，超過住房公積金扣除上限9,081元；單位和個人繳存比例均爲20％，超過12％的幅度。個人繳存的住房公積金允許扣除額爲：9,081×12%＝1,089.72元；單位繳存住房公積金應計入應稅工資計繳個人所得稅的金額爲：10,000×20%－9,081×12%＝910.28元。計算調整如下:
應稅所得額＝9,000－1,089.72＋910.28－1,600＝7,220.56元
注：住房公積金的單位繳存部分和個人繳存部分應分別計算調整；如果是基數超標但比例未超標的，需進行基數計算調整；如果是基數未超標但比例超標的，需進行比例計算調整。
如上例的單位繳存比例是10%，個人繳存比例均爲8％，其他情況不變，問7月份張三應稅所得額是多少？
分析：張三月繳存住房公積金基數爲10,000元，超過住房公積金扣除上限9,081元；單位和個人繳存比例未超過12％的幅度。個人繳存的住房公積金允許扣除額爲：9,081×8%＝726.48元；單位繳存住房公積金應計入應稅工資計繳個人所得稅的金額爲：（10,000－9,081）×10%＝91.90元。計算調整如下:
應稅所得額＝9,000－726.48＋91.90－1,600＝6,765.42元
又如上例2007年住房公積金年度繳存公積金基數爲8,000元，其他情況不變，問7月份張三應稅所得額是多少？
分析：張三月繳存住房公積金基數爲8,000元，未超過住房公積金扣除上限9,081元；單位和個人繳存比例均爲20％，超過12％的幅度。個人繳存的住房公積金允許扣除額爲：8,000×12%＝960元；單位繳存住房公積金應計入應稅工資計繳個人所得稅的金額爲：8,000×（20%－12%）＝640元。計算調整如下:應稅所得額＝9,000－960＋640－1,600＝7,080元。