1. “菌株的傳代次數不得超過5代”表示菌株傳代只能傳遞到第四代，使用第四代時意味着菌株已經是第五代，因此，傳代記錄中不能顯示傳5代。
2. 標準菌株確認工作是否齊全：存活性確認，純度確認，菌落形態、染色鏡檢及生化反應進行確認。
3. 菌種保藏所用的冰箱是否經過確認，是否容易結霜，且儲存菌種（尤其是特異菌株）是否採用兩種以上的方式，防止意外流失。
4. 培養基的適用性檢查：
微生物限度檢查中培養基適用性檢查：在注重回收率達到70%時，是否確保檢查用培養基上的菌落形態同對照培養基上一致。
控制菌檢查中培養基適用性檢查：促生長能力----最短培養時間內長出相應的菌落；抑制能力-----最長培養時間下不得有菌生長；細菌培養時間：18-24-48小時；真菌培養時間：24-48-72小時，促生長取最短時間，抑制取最長時間。因此供試品在檢查時，培養時間應取最長時間。
環境監測的培養基適用性檢查：“中國藥典附錄：藥品微生物實驗室規範指導原則”中規定：用於環境監測的培養基須特別防護，最好是雙層包裝和終端滅菌。如果不能採用終端滅菌的培養基，在使用前應進行100%的預培養避免假陽性出現。同時做促生長試驗，防止假陰性出現。
沉降菌監測所用培養基的適用性檢查：
①培養基回收率確認（同微生物限度檢查的培養基適用性檢查）；
②確認培養基放置最長時間，在標準風速下，一般不宜超過2小時；
③同時確認溫度、溼度及風速對培養基放置的影響。
5. 潔淨區微生物監控標準的理解是否到位？如何計算平均值。
6. 生產抗生素的潔淨區進行環境監測，其培養基是否添加有中和劑，如亞硫酸氫鈉、聚山梨酯等。
7. 潔淨室是否使用消毒劑與殺孢子輪滑使用，殺孢子劑一般半月1次（建議）
8. 無菌檢查：
在結果進行觀察時，最好將集菌器置於黑白背景下觀察，確保不能因燈檢原因而出現假陰性。 無菌檢查結果判斷：
集菌器出現渾濁，但證明不是微生物，判供試品符合規定；
以下情況可證明無菌檢查結果無效：設備及環境微生物監控結果不符合規定；回顧無菌試驗過程，發現有可能引起微生物污染的因素（陰性對照失敗、培養基的.靈敏度試驗失敗等）；供試管中生長的微生物經鑑定後確認是物品或無菌操作技術所引起。此時可以提出複驗申請，複驗取樣條件： ①儘可能使用原樣品（全檢量的2-3倍）
②儘可能使用與第一份來源相同的另一份樣品（如理化檢驗樣品）
③儘可能在同一處重新取樣
9. 超淨工作臺及生物安全櫃中不能使用酒精燈：酒精燈的使用會導致局部溫度對流，在生物安全櫃中則會造成潔淨氣流紊亂，從而將檯面污染的灰塵或者周圍污染的空氣帶入到無菌操作區，從而污染樣品；另外超淨工作臺中放置酒精燈，潔淨風是超外吹的，對流空氣中污染的菌可能對操作人員造成傷害。
10. 實驗室進行調查：一般將重分析、重檢驗、重取樣同時進行，可以節省調查時間，延緩車間庫存時間。
11. 製藥用水中生物膜（生物膜形成微生物生長的物理和化學屏障。不僅增加了微生物對熱、各種藥物、殺菌刺、去污劑和清潔劑的抗性；而且，有利於微生物捕獲營養物質。加速生長繁殖。）出現的可能現象：①在同一或同幾個監測點多次檢測均出現菌落；②菌落的種類多樣，形態多樣；
措施：採用大量沖洗、化學消毒如次氯酸鈉、二氧化氯等其他辦法。