誤區一：將高新認定研發費用作加計扣除基數
在高新技術企業認定時，企業往往會委託稅務師事務所對企業近3個會計年度的研究開發費用(實際年限不足3年的按實際經營年限計算)以及近1個會計年度的高新技術產品(服務)收入出具專項鑑證報告。在年度彙算清繳時，不少企業認爲高新認定的研究開發費用是經稅務師事務所鑑證認定的，可以直接將鑑定報告中對應年度的研究開發費用作爲基數，享受加計扣除的稅收優惠。
其實，在企業研究開發費用歸集上，高新認定時是依據科技部、財政部、國家稅務總局發佈的《高新技術企業認定管理工作指引》(國科發火[2008]362 號，以下簡稱《指引》)進行的，而確定企業可以享受加計扣除優惠，依據的是國家稅務總局《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)》(國稅發 [2008]116號，以下簡稱《辦法》)，兩者的適用情況並不一樣，不能混爲一談。《辦法》規定的可加計扣除的研究開發費用，其口徑要小於按照《指引》要求歸集的研究開發費用。因此，高新技術企業進行研究開發費用加計扣除必須謹慎，一定要嚴格按照《辦法》的規定進行研究開發費加計扣除，否則會存在較大的稅務風險。
誤區二：老高新技術企業未重新認證就享受優惠
2008年，仍有不少老高新技術企業未能及時學習有關高新技術企業的最新稅收政策規定，在年度彙算清繳時，仍按15%的稅率進行了納稅申報。也有不少納稅人認爲能夠享受過渡期稅收優惠。
實際上，按照《國家稅務總局關於實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的.通知》(國稅函[2009]203號)的規定，原依法享受企業所得稅定期減免稅優惠尚未期滿的高新技術企業，按照新標準取得高新技術企業資格證書之後，可以在2008年1月1日後在未到期的時間段內享受過渡期優惠政策。
因此，老高新技術企業要想享受15%的優惠稅率，或享受過渡期優惠政策，必須按高新技術企業的心要求進行重新申請認定，並向主管稅務機關備案，而不能直接自行享受稅收優惠。
誤區三：不能疊加享受優惠政策
不少高新技術企業根據《國務院關於實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》(國發[2007]39號)和《財政部、國家稅務總局關於執行企業所得稅優惠政策若干問題的通知》(財稅[2009]69號)的規定，認爲高新技術企業優惠政策不得疊加享受。享受高新技術企業15%的優惠稅率後，不管什麼情況，都不得享受其他定期減免稅和減低稅率類的稅收優惠。
其實，這是對上述兩個檔案的誤讀。兩個檔案規定企業享受優惠政策時“不得疊加享受，且一經選擇，不得改變”的規定，是限於企業所得稅過渡優惠政策與《企業所得稅法》及其實施條例中規定的定期減免稅和減低稅率類的稅收優惠。而《企業所得稅法》及其實施條例中規定的其他各項稅收優惠，凡企業符合規定條件的，可以同時享受。
例如，2007年底前設立的軟件生產企業和集成電路生產企業，經認定取得高新技術企業資格後，就可以享受高新技術企業的稅收優惠。同時按照《財政部、國家稅務總局關於企業所得稅若干優惠政策的通知》(財稅[2008]1號)的規定，還可以享受企業所得稅定期減免稅優惠政策。該檔案明確，根據新《企業所得稅法》的規定，我國境內新辦軟件生產企業經認定後，自獲利年度起，第一年和第二年免徵企業所得稅，第三年至第五年減半徵收企業所得稅。這種情況下，軟件生產企業“兩免三減半”的優惠也應該是新《企業所得稅法》下的優惠。
69號檔案第二條第二款規定：“企業所得稅法及其實施條例中規定的各項稅收優惠，凡企業符合規定條件的，可以同時享受”。也就是說，上述軟件生產企業和集成電路生產企業，可以同時享受高新技術企業稅收優惠和企業所得稅“兩免三減半”的優惠。
誤區四：各項補貼不區分收入性質
由於高新技術企業受到國家有關部門和各級政府的大力支援，各種名目的補貼往往比較多。例如，各種稅收返還、財政獎勵、技術創新獎勵、專項研發項目補助等。但很多企業彙算清算時往往不區分各項補貼的收入性質，誤把應稅收入認爲是不徵稅收入或免稅收入，把不徵稅收認爲是免稅收入。
不徵稅收入是我國新《企業所得稅法》中新創設的一個概念，是指從企業所得稅原理上講應永久不列入徵稅收入的範疇。根據規定，不徵稅收入用於支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除;用於支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
免稅收入是一種稅式支出，其本身已構成應稅收入，但基於稅收優惠政策而予以免除。它是國家根據經濟政策目標的需要，在一定時間內免予徵稅，而在一定時期又可能恢復徵稅的收入，其支出允許稅前列支。根據新《企業所得稅法》第二十六條規定，免稅收入分爲以下四類：國債利息收入，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯繫的股息、紅利等權益性投資收益，符合條件的非營利組織的收入等。