應全面自查各項應稅收入是否未繳、少繳、或未按時繳納營業稅。具體自查項目應至少涵蓋以下內容：
1.債券投資收入是否按稅法規定繳稅。現行銀行的債券投資一般由總行集中操作，分爲人民幣債券和外幣債券兩類，其投資收入包括買賣損益和利息收入兩部分。目前銀行大多僅就人民幣債券買賣損益的部分繳納了營業稅，人民幣債券中利息收入和外幣債券的買賣損益與利息收入均未繳納營業稅。按照現行營業稅政策規定，銀行總行在境內利用總行資金進行外幣債券投資，對其買賣債券取得的收入應照章徵收營業稅;對其持有金融債券到期利息收入不徵收營業稅，對其持有非金融債券到期利息收入照章徵收營業稅。此外，對於未持有到期債券業務投資收益，買賣債券持有期間的利息收入也應該按稅法規定納稅。
2.是否將一般貸款業務混爲轉貸業務覈算，差額繳納營業稅，少計計稅營業額，或不按權責發生制原則繳稅。
3.委託貸款業務收入是否按規定繳稅，收到的利息是否代扣代繳營業稅，有無按減除手續費後的差額計稅的問題。
4.貼現收入是否按規定繳稅，有無未繳稅、減除轉貼現收入繳稅、轉貼現支出衝減票據貼現收入、轉貼現支出衝減遞延收益、貼現利息收入遞延入賬、以及票據轉貼現返利等未按規定繳稅問題。
5.中間業務收入是否存在未繳稅，或有的中間業務收入存在衝減回扣、返傭支出後計手續費收入繳稅的問題。
6.是否存在將atm、pos機手續費收入衝減支付銀聯費用或pos機租金後繳稅的問題。
7.是否存在銷售不動產少繳營業稅的問題，或存在出租房屋、廠房、機器設備、抵債資產變現收入未繳營業稅問題。
8.是否存在將收取的郵電費、印刷費、支票工本費衝減業務費用未繳、少繳營業稅問題。
9.是否存在收取客戶信用卡透支罰款、罰息等收入未繳、少繳營業稅問題。
10.是否存在銀行受託理財業務收取的手續費收入未按照規定納稅問題。
11.是否存在擴大金融機構往來範圍，將非同業利息收入記入同業利息收入問題。
12.是否存在將代保管收入、諮詢收入、結算手續費收入、代辦保險、按揭手續費收入等不計少計營業額問題。
13.是否存在代收電話、水、電、氣、資訊費等項目，取得的業務收入未按稅法規定繳納營業稅的問題。
14.是否存在以銀行工會的名義向貸款戶收取管理費或贊助費未繳納營業稅問題。
15.是否存在資金業務項目虧損軋抵後申報營業稅問題。
16.是否存在分行從總行取得的各項稅前分成收入計入內部往來未繳營業稅問題。
二、企業所得稅
應全面自查各項應稅收入是否按稅法規定繳稅，各項成本費用是否按照所得稅稅前扣除辦法的規定稅前列支。具體自查項目應至少涵蓋以下問題：
1.有無未按所得稅權責發生制原則繳稅的問題。
2.有無使用不符合稅法規定的發票，進行費用列支的問題。
3.有無工資及“三費”等未按照稅法規定的標準，進行計提和調整的問題。
4.是否存在資金業務、金融衍生產品業務，未按照會計覈算方法進行正確估值的，造成少繳稅款的情況。
5.有無固定資產未按稅法規定計提折舊，或固定資產的淨殘值率及電子類設備折舊年限與稅收規定有差異的，未進行納稅調整。
6.是否擴大計提範圍，多計提呆賬準備金。
7.業務招待費、業務宣傳費、廣告費是否按稅法規定進行計提和使用。
8.財產損失是否按照規定，向主管稅務機關進行備案和報批。
9.接受捐贈的貨幣及非貨幣資產，是否計入應納稅所得額。
10.各種減免流轉稅及各項補貼、收到政府獎勵，是否按規定計入應納稅所得額。
11.無形資產攤銷年限與稅收規定有差異的部分，是否進行了納稅調整。
12.開辦費攤銷期限與稅法不一致的，是否進行了納稅調整。
13.對外捐贈扣除條件、標準與稅收規定的差異部分，是否進行了納稅調整。
14.與其關聯企業之間的業務往來，是否不按照獨立企業之間的'業務往來收取或者支付價款、費用而減少其應納稅所得額的，未作納稅調整。
15.是否混淆罰款、罰金、滯納金與違約金的性質，擴大扣除範圍，未作納稅調整。
16.是否列支不符合稅前扣除標準的會議費、差旅費、董事會會費，未進行納稅調整。
17.有無彌補虧損的條件、順序、金額不符合稅收規定，未作納稅調整。
18.是否補提以前年度應計未計、應提未提各項費用，未作納稅調整。
19.自然災害或意外事故損失有補償的部分，是否未作納稅調整。
20.支付給總機構的管理費是否無批覆檔案，或不按批准的比例和數額扣除，或提取後不上交的，未進行納稅調整。
21.是否列支已出售給職工住房的車位費、水電費等與取得收入無關的支出，未進行納稅調整。
22.是否預提尚未發生的費用，未進行納稅調整。
23.企業分回的投資收益，是否按照地區差補繳企業所得稅。
24.是否混淆國債買賣的淨價交易和非淨價交易，未作納稅調整。
25.是否以融資租賃方式租入固定資產，視同經營性租賃，多攤費用，未作納稅調整。
三、個人所得稅
應全面自查企業對職工以各種形式取得的工資薪金所得是否全部按稅法規定代扣代繳個人所得稅，自查應至少涵蓋以下項目是否納入工資薪金所得：
1.爲職工建立(繳納)的年金。
2.績效獎、年終獎、住房公積金超標等。
3.發放的實物福利、通訊補助。
4.超標準發放交通、通訊、住房、伙食補貼。
5.對中層管理人員發放的目標考覈獎。
6.企業爲職工購買的補充養老保險等商業性保險，超標準爲職工繳納的養老、失業、醫療保險金。等是否按規定代扣代繳個人所得稅。
7.在管理費用或公雜費中列支的“個人業務拓展費”。
8.企業向職工發放的代發行債券手續費獎勵。
9.以油票、修理費、辦公費、飛機票等實物報銷形式發放的職工獎金。
10.在福利費中，發生向職工發放服裝費、勞保費等現金支出，或在節日期間發放實物。
12.向客戶經理、部門主管發放業務推廣費。