自改革開放以來，伴隨着商業零售企業的逐漸崛起，一些增值稅問題逐漸浮出水面，在一定程度上困擾着稅企雙方。
一、存在的主要問題及分析
（一）對假的發票的識別防範能力弱
目前，商業零售企業對假的發票防不勝防，識別假的發票的能力是非常弱的。究其原因，主要有以下幾個方面：
1.識別真僞發票的資訊化技術建設尚未運用到所有發票管理之中。
隨着經濟的發展，發票的使用、開具數量也與日俱增。如何管理好大批量的發票，識別、鑑定發票真僞，已成爲稅收實踐中的一個非常重要的問題。目前，一些不法分子在高額利潤的驅使下，製售假的發票的犯罪行爲不僅屢禁不止，而且其手段和技術也不斷升級。而稅務機關除對防僞稅控機開具的專用發票，已能透過發票認證、交叉稽覈的方式有效識別真僞以外，稅企雙方對手工專用發票、普通電腦票、普通發票還是採用原始的眼看、手摸的方式加以鑑別，因而很難收到成效。
2.普通發票格式、版本不統一，增加了識別防範假的發票的.難度。
目前，國家僅對增值稅專用發票的格式、防僞標識進行了規範，普通發票由各地稅務機關自行管理，這就造成了普通發票的多種多樣。從各地普通發票種類來說，有的地方統稱爲工商業銷售發票，有的地方又將其細分爲工業企業銷售發票、商業企業銷售發票等。除此之外，普通發票的格式也呈現多樣化，爲此導致納稅人不能全面掌握各地的普通發票資訊，因而無法對外地發票進行判斷，加大了發票管理難度。
3.商業零售企業月收取發票量大，涉及面廣，客觀上也加大了對假的發票的防範難度。
與工業企業相比，商業零售企業經營品種繁雜，面對的供應商面廣戶多，交易次數 頻繁。在對深圳商業零售企業的瞭解過程中發現，一家月銷售額兩千萬左右的超市，負責爲其供貨的供應商通常有兩至三千家，每月收取的發票達三四千份，平均每天會收到上百張發票。面對這上千家供應商所提供的發票要一一加以識別，工作量大，從而給商業企業對假的發票的防範工作帶來一定難度。
（二）租賃經營場地難取得水電費專用發票，從而無法抵扣稅款
根據增值稅稅款抵扣的規定，企業只有在取得增值稅專用發票、海關完稅憑證或可抵扣的收購發票的情況下才能抵扣進項稅金。與傳統的國有、私營商業企業通常是以自有房產進行經營不同，目前的商業零售企業通常是租賃場地經營。由於經營場所所處的大廈在自來水公司和電業局通常只有一個統一的計費戶頭，因而商業零售企業往往只能透過大廈的物業公司代付水電費，自來水公司和電業局則分別根據該大廈的總水錶和總電錶的抄表數計算收取水電費後，向大廈的物業公司開具發票。由於物業公司不是增值稅一般納稅人，因而不能開具增值稅專用發票給商業零售企業。水電費是商業零售企業經營費用的大頭，商業零售企業經營消耗了水電，並支付了水電費，只是由於收取水電方不具備一般納稅人資格而無法取得水電費專用發票，不能抵扣相應的進項稅額，每年就需多承擔幾萬元乃至上百萬元的稅收負擔，這是非常不合理的，也極大的阻礙了商業零售企業的發展。
（三）無法劃分正常損失與非正常損失
根據增值稅暫行條例的規定：納稅人發生的非正常損失的購進貨物的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，而正常損失所購進貨物的進項稅可以從銷項稅額中抵扣。根據條例可知，企業的購進貨物發生的損失是否可抵扣，是建立在是否爲正常損失的基礎上的。而在實際工作中，商業零售企業客觀上往往無法劃分正常與非正常損失，因而其全部損失的進項稅金均不能從銷項稅額中抵扣，導致稅負增加。究其原因，主要爲：
1.稅法規定不明確。
對不得從銷項稅額中抵扣進項稅額的非正常損失，稅法規定主要包括（1）自然災害損失；（2）因管理不善造成的貨物被盜竊、發生黴爛變質損失；（3）其他非正常損失。其所指的第三點“其他非正常損失”包括的範圍廣泛，稅法對此並沒有一些具體的判斷標準，企業判斷時缺乏可操作性。