一、國稅函[2008]299號檔案產生的變化——六個統一
由於《企業所得稅法》及其實施條例頒佈實施，從2008年1月1日起，企業所得稅政策不再區分內外資企業即執行統一的所得稅政策，特別是國稅函[2008]299號文的出臺，又明確規定所有房地產開發企業從2008年1月1日起執行統一的企業所得稅預繳政策。由此，對房地產開發企業所得稅的預繳產生了變化。
（一）變化之一——統一了納稅人
檔案明確規定“爲貫徹落實新的《企業所得稅法》”，僅適用於從事房地產開發經營業務的居民納稅人，一般包括內資、外商投資房地產開發經營企業。這意味着內資、外資的房地產開發經營企業都要按照此檔案規定預繳企業所得稅，需要注意的是從事房地產開發經營業務的非居民納稅人不適用此檔案。
（二）變化之二——納稅人適用範圍的統一
國稅函[2008]299號第一條規定：房地產開發企業按當年實際利潤據實分季（或月）預繳企業所得稅的，對其在開發產品未完工前採取預售方式銷售取得的預售收入，要按此檔案規定預繳企業所得稅。即該檔案僅適用於：“按當年實際利潤據實分季（或月）”這種方式預繳企業所得稅的房地產開發企業。
根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第一百二十八條的規定，企業所得稅分月或者分季預繳的方式主要有三種：
1、按照月度或者季度的實際利潤額預繳；
2、按照月度或者季度的實際利潤額預繳有困難的，可以按照上一納稅年度應納稅所得額的月度或者季度平均額預繳；
3、按照月度或者季度的`實際利潤額預繳有困難的，可以按照經稅務機關認可的其他方法預繳。
由此可見，不實行按實預繳所得稅的從事房地產開發經營業務的居民納稅人不適用此檔案。
（三）變化之三——計算方法的統一
從上述對比表可以看出，原來內、外資房地產開發企業在所得稅預繳方面的計算存在一定的差異，而國稅函[2008]299號檔案的出臺標誌着內、外資房地產開發企業預繳企業所得稅的方式、計算方法也得到了統一。
國稅函[2008]299號規定採取據實預繳房地產開發企業所得稅是在利潤總額基礎上計算確定的，利潤總額中已經扣除了企業的期間費用和稅金，因此，國稅函[2008]299號檔案對於“預計利潤率”與國稅發[2006]31號檔案對於“預計毛利率”概念上規定是一致的。
具體可以分爲下列幾種情況：
1、純預售階段。當期應納稅所得額=本期開發產品預售收入×預計利潤率-期間費用-營業稅金及附加
2、銷售與預售並存階段。當期應納稅所得額=主營業務收入-主營業務成本 其他業務利潤 投資收益（減投資損失） 營業外收入-營業外支出－本期已轉銷售收入的預售收入×預計利潤率＋本期開發產品預售收入×預計利潤率-期間費用-營業稅金及附加
（四）變化之四——預繳申報表類型（或格式）統一
將原來據實預繳的內、外資房地產企業分別適用的《企業所得稅預繳納稅申報表》和《外商投資企業和外國企業所得稅季度申報表（A類AA1）》，統一適用於《企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類）》。 五）變化之五——經濟適用房項目界定標準的統一
將原適用於從事房地產開發業務內資納稅人的經濟適用房項目的界定標準，統一適用於內外資從事房地產開發業務納稅人。國稅函[2008]299號檔案規定，房地產開發企業對經濟適用房項目的預售收入進行初始納稅申報時，凡不符合規定或未附送有關部門的批准檔案以及其他相關證明材料的，一律按銷售非經濟適用房的規定執行。