福建農林大學食品科學與工程學科源於1958年的食品加工專業，1999年農產品加工及貯藏工程學科成爲福建省重點學科，2003年設立農產品加工及貯藏工程博士點，2007年設立“食品科學與工程博士後科研流動站”(福建省內唯一)，2011年設立食品科學與工程一級學科博士點(福建省內唯一)。經多年建設，食品科學與工程學科已建立了學歷層次高、年齡結構合理的師資隊伍，同時着眼於學科建設需要，擇優引進歸國人才，加強在職教師深造。
現本學科共有專任教師37人，其中教授(含研究員)14人，副教授13人，講師7人，進階實驗師1人、實驗師2人，其中博士生導師8人、碩士生導師22人。專任教師中具有博士學位的21人，具有碩士學位的4人，具有博碩士學位教師佔教師總數 68%;本學科專任教師中有“新世紀百千萬人才工程國家級人選” 1人，“國務院特殊津貼專家” 3人，“福建省高校新世紀優秀人才支援計劃人選” 2人，“福建省百千萬人才工程人選” 4人。
本學科擁有優良的科研和研究生培養條件，有省部共建國家重點實驗室天然生物毒素工程實驗室，蜂產品加工與應用教育部工程研究中心，福建省蜂產品加工工程技術研究中心，福建省農產品(果蔬)加工工程技術研究中心，國家農產品加工技術研發(蔬菜、水果)專業分中心、閩臺農副產品加工與貯藏工程中央地方共建實驗室、食品質量與安全中央地方共建實驗室、農產品加工及貯藏工程福建省重點學科實驗室、福建省高校食品科學與工程實驗教學中心等科技創新平臺，實驗中心建築面積約7000平方米，實驗中心設備資產總值達到1900多萬元，800元以上設備總檯套數達到1179臺套。
《國務院關於支援福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見》將發展農產品加工業以推進國民經濟發展和改善民生置於突出地位。本學科圍繞服務海峽西岸經濟區建設和福建省食品產業需求，創制出一種以閩臺合作爲平臺，以基礎理論與技術集成創新爲核心，以產業推進的產學研有機結合爲重點，注重兩岸交流合作培養研究生的特色發展模式。本學科在繁榮食品工業、促進高層次人才培養、推動海峽西岸經濟區建設和兩岸交流合作方面具有明顯的優勢和特色。