目前市場上的OA軟件的應用現狀而言，還存在這諸多的瓶頸，限制着OA軟件的進一步發展。這些瓶頸主要有：
1、中國的企業普遍存在管理落後的現象。很多企業資金到是不缺，也買了包括國際上一流的最先進的軟件和資訊技術，但是應用過程中仍然出現這樣那樣的問題，其中一個非常關鍵的問題就是由於中國企業缺乏有效的管理導致管理落後，執行ERP相關的基礎數據不全不準確，從根本上直接影響OA軟件的應用。
2、缺乏有效的專業培訓或者有培訓沒有完全落實。很多企業在OA軟件應用過程中只注重OA軟件功能的培訓，而沒有把OA軟件培訓延伸到從項目開始對企業的中高層員工進行包括OA軟件在內的，也包括MBA知識在內的完整的知識培訓。沒有這種知識培訓，怎能有效的提高員工的素質和整體水平，怎能全面深入地認識OA軟件應用目標和價值。但是現在來看，絕大多數企業前期很少有這樣的培訓。
3、不能夠全面理解OA軟件應用戰略，一些企業甚至認爲上馬OA軟件沒有必要講就戰略。那麼，究竟什麼是OA軟件應用戰略呢?有人簡單的認爲是提高企業管理水平，推動企業現代化。不錯，這樣的說法也是正確的，但是還不夠完全正確。企業在應用OA軟件時一定要深刻認識OA軟件應用戰略的目標與內涵，並要落到實處與企業現實問題結合起來。可以坦誠的說，目前還有不少企業對OA軟件應用戰略目標，或者說到了今天對深化應用OA軟件的.戰略目標認識不清楚。認識不清楚就導致很多企業的OA軟件應用仍停留在軟件和資訊技術應用層面。有的企業在申報方案中談了很多網絡技術架構和軟件功能問題，而很少談及如何透過資訊化來有效推動企業業務模式和業務流程創新問題。這種情況還不在少數，是一個比較普遍和現實的問題。
4、OA軟件服務提供商的服務水平低下。現在的服務商很多，有幾百家、上千家，各有各的理念和營銷策略，能力水平參差不齊;而且這些服務商的理念日新月異，很多理念在國外剛剛問世，到了國內就成了服務商們宣傳推銷的理念和產品，有的甚至還有所發展，這種過度的創造和宣傳必然會讓很多企業用戶感到不知所措，其結果對買賣雙方都不利。
5、企業主體意識不強。畢竟應用OA軟件是企業的行爲，企業要下決心做出這方面的決策，還要知道如何應用才能達到我們預期的目標。我們現在面對的是經濟全球化的挑戰，全球資訊化的挑戰，中國企業缺乏有效管理的挑戰，我們的企業爲什麼不能加快應用OA軟件的進程，來提高企業OA軟件應用水平和管理水平呢?這一切都是企業的行爲，是企業主體意識問題。企業主體意識不轉變，意識不增強，再好的軟件、技術，再多的資金也不能解決問題。
6、沒有引入管理諮詢，項目監理制和評價制。現在很多大中型企業對實行項目監理和評價制缺乏足夠的認識，有的認爲開展這些工作沒必要，有的認爲有必要，又不捨得花錢投入做這些工作，所有這些都勢必影響OA軟件應用進程和績效。問題的關鍵還是企業的自身主體意識不強。