1.農學專業
農學部的農業會計研究設施在農業會計學和農家經濟分析學方面爲日本唯一的研究與教育普及部門;植物生殖設施在植物的起源、分化、傳播、遠緣雜交、遺傳資源的收集儲存等方面顯示出該資源的優勢，被國際遺傳資源理事會認定爲基本銀行而成了國際活動中心。
2.海洋研究專業
1967年東京大學海洋研究所建在一艘大型海洋勘察船，開展海洋勘察和海洋綜合研究，後又建造一艘更加先進的船，同美國財團合作，進行深海鑽探，重大海洋地殼構成、海底生態、海底資源開發等領域。文部省撥款組織東京大學等校人員數次參加南極的.綜合科學考察。
3.宇航研究專業
以東京大學宇宙線研究所爲首的此項研究有較大的開展，日本政府每年撥款百餘億日元設備製造費和試驗費，至今已發射了14顆衛星和多顆運載火箭，進行極光觀測，探測行星和地球磁場，開展天文物理、無人宇宙實驗室的試驗。(在線諮詢)
4.癌研究專業
早在1983年日本政府提出癌研究十年計劃，由東京大學、東北、大阪等大學參加，並與美國有關研究機構合作，集中對致癌原因、診斷方法、治療途徑三方面進行研究。研究還涉及生物化學、遺傳學、核物理學等學科，東京大學的醫學科學研究是該項研究中的中堅力量。