各級工商行政管理局依法向企業法人收取的登記費屬於國家預算的“規費收入”，一律納入國家財政預算管理。企業法人登記費實行“以收抵支，結餘上繳財政”的管理辦法，爲簡化結算手續，企業法人登記費也可以實行固定比例或定額上繳財政的.管理辦法，具體上繳辦法，由省級財政部門與工商管理部門商定。
企業法人登記費一律一次收齊。各級工商行政管理機關要加強對登記費的管理，按照規定積極組織收入，專款專用，厲行節約，反對浪費。各地工商行政管理局在編制年度預算時，應將上繳國家工商行政管理局的部分編入預算。各級工商行政管理局在年度收支預、決算應報同級財政部門審批。
爲了平衡各縣（市）工商行政管理局之間的登記費收入，各省級工商行政管理局應對登記費進行統一管理。